明代后期的隆庆、万历年间，即16世纪60年代至17世纪20年代，中国封建社会已发展到完全烂熟的程度，在经济生活与意识形态中都萌发了自我否定的因素。这种特殊的历史条件，产生出一批叱咤风云的历史人物，或在经济上进行改革，如政治家张居正，或在思想上进行批判，如思想家李贽，从而在这数十年之间掀起了一阵阵轩然大波。
在李贽的著作中，《焚书》占有十分重要的地位。该书共六卷，收集了李贽的书答、杂述、史论、诗作，于公元1590年（明神宗万历十八年）在湖北麻城刊行，又于公元1600年（明神宗万历二十八年）重刻。对于书名，李贽有过说明：是书“大抵多因缘语、忿激语，不比寻常套语。恐览者或生怪憾，故名曰《焚书》，言其当焚而弃之也”（《焚书。答焦漪园》。下引该书，只注篇名）。可见，《焚书》典型地代表了李贽的异端思想。
在《焚书》中，李贽提出了“童心说”。所谓“童心”，就是没有受到外界影响的赤子之心，即没有为封建伦理、程朱理学所浸染、所扭曲的人的最初本性。他说：“夫童心者，绝假纯真，最初一念之本也。”（《童心说》）人们一生下来，都具有“童心”，因而都有“真心”，都是“真人”。但是，由于理学家们不断宣扬封建伦理，使之进入人心，“以为主于其内”，结果造成了“童心”的丧失、人性的扭曲。“失却童心，便失却真心；失却真心，便失却真人。”（《童心说》）因此，李贽认为，人们应当摒弃封建伦理，恢复“童心”、“真心”，唤起“最初一念”的觉醒，回复“绝假纯真”的本性。李贽的“童心说”，无疑承继了王守仁的心学传统，但他们言“心”又有不同。王守仁主张“心即理”，力图将封建伦理置于人的主体之中，成为主体的自觉的活动；李贽则主张“心非理”，反对用封建伦理来规范人的主体，而保持主体的纯真、自由的本性。这是李贽异端思想的哲学基础。
从“童心说”出发，李贽反对神化孔子，反对把儒家经典变成压抑“童心”、“扭曲人性”的教条。他说，历史上的孔子，也不过是一个人，其言论著述只是“因病发药，随时处方”，针对当时的具体情况讲的，并没有教人把自己的学说当作永恒的真理，成为裁定是非的标准。但孔子以后的那些“迂阔门徒”、“懵懵弟子”，却将这些言论著述视为“万世之至论”，不管情况如何变化，千百年来都开此方药方。这实际上是发假药，医假病，使孔子言论、儒家经典成了“道学之口实，假人之渊薮”，与“童心”水火不相容。（见《童心说》）因此，要保持“童心”、恢复“童心”，就断断乎不可以孔子的言论著述为教条。他说：“夫天生一人，自有一人之用，不待取给于孔子而后足也。若必待取足于孔子，则千古以前无孔子，终不得为人乎？”（《答耿中丞》）
人们应当把生而俱有的“童心”发扬起来，无须以孔子言论和儒家经典为指南。
李贽又指出，理学家把“理”变成形而上学的最高实体也是根本错误的。
他说：“极而言之，天地一夫妇也，故有天地然后有万物。然而天下万物，皆生于两，不生于一，明矣。”（《夫妇论》）因此，理学家所讲的那种“一能生二，理能生气，太极能生两仪”，实在难以成立。在他看来，所谓的“理”，不在现实之上，而在现实之中。“穿衣吃饭，即是人伦物理；除却穿衣吃饭，无伦理矣。”（《答邓石阳》）因此，讲“理”识“理”，不应皓首穷经，而应面向生活。他说：“凡世间一切治生产业等事，皆其所共好而共习、共知而共言者，是真迩言也。”（《答邓明府》）认为在这些关于百姓日用的浅近之言中，包含了真正的道理。
李贽进而对传统观念及现实社会进行了批判。例如，他反对中国封建社会传统的男尊女卑的观念，认为那种“男子之见尽长，女之见尽短”的看法是没有根据的。他说：“谓人有男女则可，谓见有男女岂可乎？谓见有长短则可，谓男子之见尽长，女人之见尽短，又岂可乎？设使女人其身而男子其见，乐闻正论而知俗语之不足听，乐学出世而知浮世之不足恋，则恐当世男子视之，皆当羞愧流汗，不敢出声矣。”（《答以女人学道见短书》）只要女子受到良好的教育，具有远大的目光，从世俗的小天地中超脱出来，就能干出一番胜过男人的事业。
又如，他反对将《水浒传》中的梁山好汉视为逆贼草寇，认为“啸聚水浒之强人也，欲不谡之正忠不可也”。这些忠义之士之所以反对朝廷，是不合理、不公正的现实社会造成的。在现实社会中，“小德役大德，小贤役大贤，理也”。这种势力“驱天下之大力大贤而尽纳之水浒”。
只要不改变这种不合理、不公正的状况，就只能是忠义“不在朝廷，不在君侧，不在于城腹心”，而“在水浒”。（见《忠义水浒传序》）再如，他反对把理学家们美化为圣贤，认为他们讲理学的目的在于“欺世获利”。这些理学家本来同常人一样，都有欲求，患得患失，但他们却偏偏摆出清高姿态，大讲道德性命，从而名利两得。因此，理学家实为伪君子，“名为山人而心同商贾，口谈道德而志在穿窬”！（见《叠民焦弱侯》）
《焚书》之文，多短悍，力雄健，往往一针见血，入木三分，嬉笑怒骂，皆成文章。《赞刘谐》一文，便是一例。有一道学，高屐大履，长袖阔带，纲常之冠，人伦之衣，拾纸墨之一二，窃唇吻之三四，自谓真仲尼之徒焉。时遇刘谐。刘谐者，聪明士，见而哂曰：“是未知我仲尼兄也。”其人勃然作色而起曰：“天不生仲尼，万古如长夜。子何人者，敢呼仲尼而兄之？”刘谐曰：“怪得羲皇以上圣人尽日燃纸烛而临地也！”其人默然自止，然安知其言之至哉！在这里，李贽以辛辣的笔锋、诙谐的语调，对理学家迷信孔子的心态与丑态，作了无情的嘲讽。
正因为这样，《焚书》引起了封建统治者的恐惧和仇恨，曾在1602年（明神宗万历三十年）和1625年（明熹宗天启五年）两度被禁毁，直至清代乾隆年间，仍被列为禁书。但结果恰与封建统治者的意愿相反，“卓吾死而其书重”（张鼐：《读卓吾老子书述》），《焚书》不仅未被禁绝失传，而且在民间流布益广，甚至传到了日本。李贽的学生汪本钶，又将《焚书》未收的李贽晚年书答诗文编为《续焚书》，于公元1618年（明神宗万历四十六年）刊行。
《焚书》所倡言的异端思想，起了开风气的作用，成为明清之际早期启蒙思潮的先声。直接受其影响的，首推湖北的“公安三袁”——袁宗道、袁宏道、袁中道三兄弟。在明代文坛上，“公安三袁”树起“独抒性灵，不拘格套”（袁宏道：《叙小修诗》）的理论旗帜，要求作家用自己语言表达内心的真情实感，独立自主地创作具有鲜明个性和独特风格的作品，就与受李贽的“童心说”的启迪密不可分。袁中道曾对其兄弟袁宏道所受李贽的影响作过描述：“先生既见龙湖，始知一向掇拾陈言，株守俗见，死于古人语下，一段精光不得披露。至是，浩浩焉如鸿毛之遇顺风，巨鱼之纵大壑，能为心师，不师于心，能转古人，不为古转。发为语言，一一从胸襟流出，盖天盖地。”（袁中道：《吏部验封司郎中中郎先生行状》）可见李贽的异端思想确实有一种启蒙的作用。
另一方面，《焚书》对封建伦理、程朱理学所持的尖锐批评态度，也受到了一些进步思想家的反对。王夫之指责李贽“导天下于邪淫，以酿中夏衣冠之祸”，“逾于洪水，烈于猛兽”（《读通鉴论》卷末《叙论三》）。顾炎武认为：“自古以来，小人之无忌惮而敢于叛圣人者，莫甚于李贽。”（《日知录》卷十八）。方以智也批评李贽“自负尖快小才，纵其偏见，欲一手抹天下，作第一人”（《东西均。名教》）。以后，纪昀在《四库全书总目提要》中更是大肆攻击李贽，称：“贽所著述，大抵皆非圣无法”（《易类存目一。九正易因》），“故其深根固蒂，而外来之新思想，又来源浅觳，汲而易竭，其支细灭裂，固宜然矣。”（第71页）”
盖固有之旧思想，既人可诛，其书可毁”（《别集类存目五。李温陵集》）。但这些反对意见，并未能阻止《焚书》的流布。
到了20世纪初，随着新文化运动的兴起，《焚书》又再度受到重视。“只手打倒孔家店”的吴虞，把李贽引为自己的思想先驱。他写了《明李卓吾别传》，对《焚书》作了很高的评价，认为该书“剽剥当世儒者，可谓洞厥情状，极嬉笑怒骂之致，无怪乎道学家之侧目也”；又针对纪昀等人对李贽的攻击，引了焦竑、袁宏道等人的言论著述加以反驳，为其辩诬。其中，所引近人邓秋枚的评语尤为深刻：“卓吾之学与其理想，皆极高妙，不肯依傍人。
其集中之作，屡于孔子有微词。自王充《问孔》后，二千年来，直斥孔子，实唯先生。则其中之所主，必具有大识力者矣。其书明季两遭禁毁，而刊本犹留宇宙者，则以其申言佛理，能见有真是非，不随人脚跟立说。于明季帖括专制，学术束缚之极，而得李氏一为推荡廓清，故人之嗜爱其说者多也。
至今日，学术大通，万端竞进，而卓吾之学，益得以见称于时，然而焚者焚，禁者禁，而藏者自藏，读者自读。帝王之力，固不足以加于儒生之后世也。”
这种毁誉参半的奇特现象，似乎更能显现《焚书》的历史文化价值。诚如李贽所说：“夫青松翠柏，在常青……与果木斗春，则花不如，与果木斗秋，则实不如。吁！安可以其不如而易之！”（《八物》）。
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