通常使用的有两大类药物：离子通道阻断剂和神经氨酸酶抑制剂，主要包括四种抗流感药物，据临床显示，甲型H1N1流感病毒对其中两种显示耐药性，即同属于离子通道阻断剂的金刚烷胺和金刚乙胺。从美国最近的猪流感病毒感染者中分离出的病毒对奥司他韦和扎那米韦（二者同属于神经氨酸酶抑制剂）是敏感的。美国疾病预防与控制中心（CDC）建议采用奥塞米韦（瑞士罗氏公司生产的“达菲”）或扎那米韦（英国葛兰素史克公司生产的“乐感清”）来抵抗病毒。