2005年8月2日，马来西亚副总理兼国防部长纳吉卜·拉札克在吉隆坡宣布，马来西亚、新加坡和印尼三个国家原则上已同意，从9月开始在马六甲海峡进行联合空中巡逻。他同时表示，泰国虽然不是马六甲海峡沿岸国家，但在维护马六甲海峡安全方面也表现出了浓厚兴趣。

马来西亚警察副总长穆萨·哈桑当天在东马来西亚沙巴州首府哥打基纳巴卢参加一个打击犯罪会议时说，马来西亚海事警察在“没有完全对外公布”的行动中，已成功打击了4个海盗团伙，逮捕了一批海盗。穆萨说，警方的行动仍在进行中，有些具体情况不宜对外公布。

2005年7月4日，一艘日本货船在印度尼西亚管辖范围内的马六甲海峡粉碎了一次海盗袭击阴谋。这是继两艘联合国货船2日在同一区域遭到海盗袭击以来又一宗同类事件。

同日，一艘没有照明的蓝色快艇载着海盗，跟踪一艘将近27000吨的日本货船，尝试从船尾登上。一名当值官随即启动警报。船员随后开灯，以消防喉射水，阻止海盗登船。被怀疑持枪的海盗追逐该货船5分钟后才放弃。

英国劳氏市场协会属下的战争风险评估委员会，曾在2005年6月把马六甲海峡列为战争风险区域。但印度尼西亚海军加强巡逻后，当地的海盗活动自2005年底开始大为收敛。据国际海事局说，在2006年头3个月，马六甲海峡还没有发生海盗袭击事件。

但印尼依然是世界上海盗行动最活跃的地区之一，2007年头9个月已经发生了37次海盗袭击。但跟2006年同期的40次相比，已经有所减少。

目前，以维护马六甲海峡安全为目标的多种联合军事演习不断，以反海盗、反恐怖行为、反海上跨国犯罪、维护海上安全为目标的多种双边、地区和国际合作机制也纷纷建立起来了。

但是，打击海盗的工作还是有一定难度的。当地安全官员说，日益猖獗的海盗袭击活动，不可能在短期内受到遏制。新加坡和马来西亚当局竭尽全力加强本国海域的安全警戒。但在印尼海域，海盗们把数百个岛屿和海湾当作基地和避难所，比较猖狂。

还有一位要求匿名的有31年航海经验的船长告诉新加坡《海峡时报》的记者，当他发现有疑似海盗的快艇跟踪他的船只时，就立即通知新加坡海军要求支援。但是新加坡海军给他的答复是让他的船“尽快返航”，因为当时他的船已经进入印尼管辖的海域，新加坡海军“爱莫能助”。

新加坡海军的一名中校在一次关于海盗问题的研讨会上也不得不承认，17艘巡逻艇对付整个马六甲海峡和周边海域的海盗，“确实是杯水车薪”。事实相当残酷。此前仅仅1个月，就在该海峡发生了4次胆大妄为的海盗攻击，使得沿海国家为自己的自信付出了代价。

新马印三国对付强大的马六甲海盗与恐怖组织，可谓实力有限，捉襟见肘。它们需要同时也希望、欢迎东西方其他大国（如中、日、美、印度等）的合作与协助。但是，它们又担心以美国为首的西方集团干涉本国主权，进而控制本国海域，所以它们又显得顾虑重重，犹豫不决。

“总之，对付海盗，一切都还是要靠自己。”前面提到的那位不愿透露姓名的船长一再强调。