1861年，布赫布尔回到巴黎，出版了《波波尔.乌》法文版。在巴黎，他获准可以阅读奥班（Aubin）收藏中那些关于美洲的罕见书籍和手稿。在这之前，奥班收藏从未对任何人开放过。通过研究自己的发现和无与伦比的奥班收藏，布赫布尔写出了长达四卷的《墨西哥与中美洲文明史》（Histoire des Nations Civilis　es du Mexique et de l’Am　rique Centrale），研究了中美洲历史和地区，这也让西班牙史学家大为惊叹，于是他们也向他开放了自己的博物馆藏品供他研究。在历史研究院的文献中，他发现了迪.兰达久被遗忘的手稿《征服前后的尤卡坦》（Relacion de las Cosas de Yucatan）。布赫布尔很快出版了此书，把它看做解读玛雅手稿的关键。现在他可以确定碑文上周期为260天的神圣日历的20个日名，也能确定周期为365天的民用历中代表每个月的标志。但是就像罗塞塔石碑（Rosetta Stone）一样，迪?兰达的观点和误导性的陈述越来越疯狂。

似乎这些让失落的古籍重见天日的成就还不够，1864年，布赫布尔在马德里结交了荷南.科尔特斯（Hernan Corts）的一位后裔。后者向他展示了后来被称为《马德里抄本》（Madrid Codex）的文献——出自尤卡坦的正本玛雅书，里面包含了天文历法和难解的象形文字、众神和历法日期。这本书非常难解，但是布赫布尔声称在里面发现了很多东西。亚历山大?冯?洪堡（Alexander von Humbolt）早期认为原始当代文化是一些更古老的高度文明的一些残骸，那些高度文明已被自然灾难所摧毁。布赫布尔追随洪堡的观点，认为埃及和中美有着相同的文化渊源，同时，彗星、流星、天体原因导致的地壳分裂产生了移民。他遇到的洪灾之谜被看做是古代灾难的证据，并把它们描述成亚特兰蒂斯之谜的早期解释。不久之后，伊格内修斯?唐纳利（Ignatius Donnelly）写成了《亚特兰蒂斯：大洪水前的上古世界》（Atlantis: The Antediluvian World）（1882），当时广受欢迎。

布赫布尔继续写书，但是人们不再那么相信他关于中美洲文化起源的观点了。写下《墨西哥年鉴》（Chrononlogie Historique des Mexicains）时，他坚定地认为奎兹尔科亚特尔（Quetzalcoatl）的阿芝特克传说和柏拉图的亚特兰蒂斯神话有关。他随意地解释该主题，坚称公元前10500年，四场大灾难相继发生；坚称人类文明不是起源于中东，而是起源于曾经从尤卡坦延伸到大西洋的一块陆地。可能是彗星引发了一系列灾难，那块大陆就在那些灾难的浪潮中沉没，幸存下来的被称为加那利群岛（Canary Islands）。在这里，我们发现了很多关于亚特兰蒂斯猜测和作品的重要观点，也是在玛雅历史研究中不断被提及的一个主题。