就在桑结嘉措几乎独揽实权之时，对他的挑战也悄然而至。1688年，蒙古准噶尔部首领噶尔丹东侵喀尔喀部后，开始南下进犯，被清军打败。在噶尔丹作乱的战争中，桑结嘉措始终偏袒并站在噶尔丹一边，甚至多次假借五世达赖之名在清廷为其开脱和掩护，所以噶尔丹的失败让他感受到了空前的威胁。另一方面，五世达赖业已圆寂的消息日益难以遮掩。在这种情况下，如何选择时机向清廷靠拢并促使新立的达赖喇嘛顺利坐床就职，成为桑结嘉措的一大心事。

根据史籍记载，就如何迎请灵童来拉萨并公开五世达赖喇嘛圆寂一事，第巴桑结嘉措、曲吉卡热巴· 多伦多吉、曲本· 阿旺西绕、格隆· 甲央扎巴、塔姆瓦、阿衮等人曾聚集在大灵塔——宗喀巴塑像前，诚心祷告，敬请神灵抉择。最后确定迎请的时间为藏历火牛年（1697年） 。问卜神旨还称“应首先将灵童迎至布达拉宫，时间应为藏历10 月下旬10 日内。根据五世达赖与管家索朗绕丹摄政王第一次见面的地点，在聂塘扎西岗地方举行首次会面礼仪为好”。

1696 年即康熙三十五年，康熙皇帝亲征准噶尔，翌年，噶尔丹兵败自杀，准噶尔全军覆没。噶尔丹被消灭本身已对桑结嘉措极为不利，而恰逢此时，康熙皇帝又从俘虏口中得知五世达赖喇嘛早已圆寂的消息。康熙十分震怒，立即致书第巴桑结嘉措严词责问，“命理藩院檄青海萨楚墨尔根台吉等，谕以噶尔丹败逃及达赖喇嘛已死十六年（死亡当年算一年，实际为15 年），第巴匿之，假其言诳诱噶尔丹作乱之故”。

桑结嘉措接到康熙皇帝的责问书信后，立即派尼玛塘呼图克图等人前往北京解释，正式报告五世达赖喇嘛已于康熙二十一年（1682年） 圆寂，并称当时“即欲奏报，恐生他变，且有达赖喇嘛遗言和护法王之授记，言必至相合之年岁始闻天朝皇帝及众施主，现六世达赖喇嘛（将）于康熙三十六年十二月二十五日坐床（此为预计日期），乞皇上暂隐之，勿闻于众”。康熙皇帝在权衡了五世达赖死后西藏的复杂政局面之后，“许为秘之”，并默认了新达赖喇嘛仓央嘉措的合法性。    随即，第巴桑结嘉措在西藏从小范围到大范围陆续公开了“第五世达赖喇嘛业已圆寂，六世达赖喇嘛已经降临人世”的消息，并解释说，早年乃两大护法神曾郑重降旨，“此事与政教大业攸关，必须严加保密”，现在，神已经允许公开。

1697 年3 月，第巴桑结嘉措从拉萨派出了和硕特蒙古军首领扎西嘉措以及朗热僧· 旺杰多吉、门巴帕姆· 阿旺桑波、唐穷瓦· 洛桑等作为迎请六世达赖喇嘛的先遣人员。随后，又从藏军中选派了贡布人嘎恰巴· 丹增多吉等人担任护卫任务。  

4 月29 日，桑结嘉措首先向一部分高级官员公开了“秘密”，并严令暂时仍须守口如瓶。此前不久，仓央嘉措一行起程前往拉萨时，也没有举行大规模的仪式，只是给前来送行的父母、亲戚、官员等人一一摩顶，并回敬哈达。灵童一行经过吉宇、噶举宫、哲古扎西塘、拉钦地、索凯、绒布热玛霍、达龙扎西林、占堆塘等地，经过9 天的行程，于5 月4 日到达浪卡子。

5 月17 日，护送人员代表曲吉来到拉萨，向布达拉宫的世界庄严大金塔、天成殊胜自在佛像、大昭寺和小昭寺内的释迦牟尼金像等敬献哈达，并向第巴桑结嘉措详细汇报了灵童行程的情况。