关于陈寅恪失明的经过，陈寅恪女儿流求回忆说：“一个早上，父亲突然发现两眼一片漆黑，失明了。先叫我通知他当天不能上课，随后往进存仁医院。”又小彭笔记：“父亲在存仁医院由眼科医生开刀。听父亲说，在成都开刀时手术不怎么理想，视网膜皱在一起，以后虽到英国医治，已无法再弄平。”[22]1945年2月，陈寅恪作《目疾久不愈书恨》表达自己愤懑哀婉之情。诗曰：

天其废我是耶非，叹息苌弘强欲违。

著述自惭甘毁弃，妻儿何托任寒饥。

西浮瀛海言空许，北望幽燕骨待归。

先君柩暂厝北平，待归葬西湖。

弹指八年多少恨，蔡威唯有血沾衣，[23]

诗中的“西浮瀛海言空许”句，指几次欲赴英讲学而未成行，这个心愿直到抗战胜利之后方才得以实现。

1945年秋，英国皇家学会与牛津大学为实现以前的承诺，再次邀请双目失明的陈寅恪赴伦敦，由英国医生疗治目疾，希望治好后留牛津讲学。陈氏接受邀请，由成都起程经昆明，转印度，乘水上飞机赴英，进入对方安排的医院接受治疗，但手术最终失败。陈夫人唐筼于1946年2月19日在成都致信傅斯年求援，并谈及史语所事，信中说道：“寅恪本有意随郭子杰兄结伴赴美国，看更有无其他方法补助左眼之模糊，又恐所带之款不够，此事正在踌躇中，请先生与骝先先生、立武先生一谈如何？”又说：“元白诗笺证稿筼已请人着手抄写，俟寅恪归来，再删改后即可付印。此项抄写费是否可出自史语所？大约三万左右（并未详细计算）。史语所何日出川？有何计划否？燕大成都方面整个的关门结束，教授之去留以北平、燕大之聘书而定，受聘者始能谈到回平的话。北平方面已屡来信拉寅恪（哈佛研究院只是研究工作），而寅恪尚无答复。先生之意如何？望有信直接寄英，以助其考虑。”[24]

正在重庆和昆明之间为处理西南联大学潮焦头烂额的傅斯年接信后，作何努力与答复不得而知，但从后来的情况看，筹款之事似乎没有多大成效。在伦敦医病的陈寅恪，先是由著名眼科专家Sir Steward Duke-Elder负责诊治，第一次手术后有进步，但眼睛吸收光线尚无好转，仍模糊。第二次手术想粘上脱离之部分，失败。但情形似比出国时好一些，医告无须再施手术。陈寅恪尚存最后一线奢望，遂请在国外访学的熊式一教授，把英伦医生的诊断书寄给时仍在美国的老朋友胡适请求援助。胡托人将诊断书送往哥伦比亚眼科学院咨询，对方告之亦无良策，无法手术，胡适“很觉悲哀”，百忙中只好托在美访学的全汉昇带了一千美元给陈，以示关照。1946年4月16日，胡适在日记中写道：“寅恪遗传甚厚，读书甚细心，工力甚精，为我国史学界一大重镇，今两目都废，真是学术界一大损失。”[25]

另据小彭笔记载：陈寅恪“到英国后，由于第二次世界大战方结束，营养很差，虽用电针贴合视网膜，由于网膜皱在一起，无法复原”。 [26]自此，陈寅恪双目完全失明，一代史学大师将在黑暗中度过余生，其悲苦之状，令人浩叹。陈氏为此写下了“一生负气成今日”与“残余岁月送凄凉”之句，[27]表达了自己悲观茫然的心境。

同年3月16日，唐筼再次致信傅斯年，谓陈寅恪“本拟赴美洲一行，今以种种不便，旅费亦不敷用，遂决定等船及觅伴归国”。同时提到“寅恪有书籍四箱，拟托历史语言研究所复员时同运至南京。事前筼可托五十厂便车先带至重庆，但不知可交与何人？乞先生酌，指定某处某人可接洽，并代为保管者”。最后又提及：“寅恪来书云：对燕大事已辞谢，大约欲回清华或回史语所专事著作。”[28]