1949年1月20日，傅斯年正式就任台湾大学校长。时台大中文系教授黄得时仰慕傅的声名，请其写几个字作为留念。尚以齐鲁之士自居和自豪的傅斯年，挥毫写下了“归骨于田横之岛”短幅相赠。[1]众人见之，顿生凄怆之感，更想不到竟一语成谶。

抵台后的傅斯年仍兼任随迁的“中央研究院”史语所所长，但主要精力则投入台大的兴建改革之中。

台湾大学的前身为台北帝国大学，是日本在中日甲午海战之后，强占台湾并于1928年创建的一所综合性大学。1945年抗日战争胜利，台湾重新回归中国。当时国民政府派中央研究院植物研究所所长罗宗洛赴台接管该校，并改名为“国立台湾大学”，罗任校长。此时的台大经济拮据，举步维艰，刚上任的罗宗洛大有乱杆子扑头——痛中带晕之感，于是很快挂冠回沪，专任他的植物研究所所长去了。此后国民政府又相继委派中央大学教授陆志鸿和北平研究院研究员庄长恭出任台大校长，此二人又都因地方长官的冷漠和校内种种困难而辞职。当傅斯年执掌台大时，已是抗战胜利之后第四任校长，而这个时候正是国民党大撤退，台湾地区大动荡、大混乱、大失控时期。学校内部房舍狭小，经费奇缺，校务混乱，学潮迭起。再加上一百多万从大陆撤退的国民党政府军政人员及家眷蜂拥而至，要求入学就读者骤然增加。原在“台北帝大”时代只有几百人的校舍，根本无法容纳狂潮一样汹涌而来的学生，一旦权要显贵人物的子女亲属有入学者稍不如愿，高官大员们便凭借手中权力横生枝节，给学校当局制造麻烦甚至灾难。傅斯年接手后仍是这种令人激愤和无奈的局面。

在“台北帝大”时代，学生大都是富家子弟，全部走读，学校不设宿舍。傅斯年执掌台大后，本着“决不让任何学生因经济拮据而丧失他的学业”的办学宗旨，不论学生出身贫富，一律按招考标准予以录取，从而使贫苦人家的孩子得有入学就读的机会。经此嬗变，出身贫穷且远离家乡的学生不断增多，台大的师资力量更显得异常奇缺。尽管在撤离大陆时，朱家骅、傅斯年对这一问题有前瞻性考虑和准备，无奈被“抢救”到台湾的学人实在太少，著名的教授只有沈刚伯、钱思亮、毛子水、郑通和、余又荪、台静农、姚从吾、王国华、东方美、夏德义、李宗侗、英千里、杨树人、潘贯、萨孟武、杜聪明、彭九生、陈振铎等三十几人，显然无法填补大多数学科一流坐椅的空白。所幸的是“中央研究院史语所”大部分人员与数学所几位精英迁往台湾，才算把台大各院系勉强充实起来。如史语所抵台的李济、董作宾、凌纯声、芮逸夫、石璋如、劳榦、高去寻、屈万里，连同晚一辈的陈槃、王叔岷、严耕望、周法高等年轻学者，皆应聘到该校兼课。因了这些条件，台大的师资力量才有所改观。

当然，此时的傅斯年一直没有忘记继续拉拢大陆学人赴台。据留在北大的邓广铭说：傅氏做了台湾大学校长，“此后便经常以朱家骅的名义给北大郑天挺先生打电报，号召北大教授到台湾大学去任教，有时也指名道姓，说要某某人去。记得点过张政烺先生的名，也点过我的名。当时郑先生问我去不去，我说，要论和傅先生的师生关系，我应该响应他的号召，到台湾去。不过，傅先生与蒋介石关系密切，所以跟他去。我与蒋介石没有什么关系，不愿跟他到那孤岛上去。我还和别人开玩笑说，如今国民党的军队是不战、不和、不守，我的态度是不死、不降、不走。我没有做过蒋介石的官，和国民党没任何关系，用不着为他们尽节殉死。我和共产党没仇恨，我在大学教书，人民政府是否让我继续教下去，当然还很难说，但这并不是一个投降不投降的问题。我不跟傅先生去，也不跟国民党走，决意留在北京大学”。 [2] 邓是北大历史系学生，与傅斯年的侄子傅乐焕既是同班同学又是好友，深得傅的赏识。邓毕业后受傅的邀请赴昆明和李庄出任北京大学文科研究所助教，其间一直受傅的提携。两年后，邓广铭离开李庄，受傅斯年之荐任复旦大学副教授，抗战胜利后随傅到北大出任校长室不挂名的秘书，直到胡适接掌北大仍任此职。再后来转入北大史学系任副教授、教授，并一度出任过历史系主任，算是与北大瓜葛较深的一人。