1950年3月1日，已逃往台湾刚喘过一口气的蒋介石，在“国大代表”及各界人士“劝进”下，一脚踢开以治病为名滞留美国，怕遭到像张学良一样软禁待遇而不敢回台的李宗仁（南按：桂系军队几乎全军覆灭，李已失去依靠），在台北“总统府”正式“复职视事”，履行“总统职权”。从此偏安一隅，成为终身“总统”，且把其位传诸其子蒋经国。蒋介石在台湾“登基”后，远在美国纽约、不明事理的李宗仁闻讯，对外发表讲话，称自己仍是中华民国的“代总统”，正准备回国复职，想不到蒋氏竟违背宪法，嬗自宣布令人惊异云云。蒋介石见报，立即实施反制，公开致电李宗仁，以“总统”身份令其“代表中正访问美国朝野从速回国”。李宗仁搞了个灰头土脸，四年后终于被蒋介石以宪法的名义，正式罢免早就已经被国人抛入九霄云外的所谓“副总统”职位。在美国的李宗仁闻讯跺脚骂娘，但已没有多少人有兴趣听这个败军失国之将和不成器的官僚政客瞎吵嚷了。

同不识大体的李宗仁相比，老奸巨猾的阎锡山聪明乖巧得多。蒋介石复职后，阎深感不妙，主动向蒋介石辞去“行政院长”（南按：1950年1月—1950年3月，由顾祝同接替阎出任“国防部长”），蒋虚意挽留，终获准许，由陈诚继任“行政院长”。从此，台湾的蒋氏政权开始形成了“蒋陈体制”，陈诚一跃成为台湾仅次于蒋氏的二号实权人物。阎锡山辞职后，获得“总统府”资政和国民党中央评议委员两个虚衔，而后一头钻入台北市金山之麓自己盖的窑洞中，不问世事，埋头著述，过起了隐士生活。

与阎锡山在广州一道组阁并出任行政院副院长的朱家骅，自国民政府一帮孤臣败将迁台后，“总统府”与“行政院”均在台北介寿馆办公。因 “代总统”李宗仁仍在美国，不能抵台视事，自1950年2月19日起，由朱家骅代行“总统”职权，此为朱氏一生权力达到巅峰的短暂时刻。据李宗仁回忆说：“朱家骅在当时党人中算是比较识大体的一位……为着维持‘银元券’，他曾两度飞台，向蒋请示，拟运一批银元来穗。此举可说纯为大局着想，远非陈果夫、陈立夫兄弟所能及。然朱家骅可能因此而触蒋氏之忌，嗣后在台几度遭蒋的为难。”[42]李宗仁所言大体不差，蒋介石早就把朱视为异己分子而有收拾之心。蒋复任“总统”后，深知一朝天子一朝臣的朱家骅同阎锡山一样，颇有自知之明地辞却“行政院”副院长之职，专任“总统府”资政与“中央研究院”代院长，以避锋芒。但是，蒋介石并没有忘记在自己最倒霉的时候，朱氏所做的落井下石的前朝旧事，总是耿耿于怀，待机而发。

1950年6月，朝鲜战争爆发，美国第七舰队驶入台湾海峡阻止解放军进攻，岌岌可危的国民党小朝廷稳住了阵脚。在这种急转直下的局面下，一直忍而不发的蒋介石开始对前朝的“叛逆”予以外科手术式打击和肃清。当王世杰的“总统府”秘书长被以“蒙混舞弊，不尽职守”罪名整肃掉之后（南按：有人说王在蒋面前说了一句“我是鞠躬尽瘁，死而后已”，惹得蒋大怒，意即王氏把蒋氏父子看成阿斗之类的人物，王遂被撤职），便把目标转向了朱家骅。此时的朱家骅与炙手可热、大权在握的陈诚关系越来越糟，遂加快了其被从国民党权力圈中扫地出门的步伐。在各方权贵阴谋与阳谋的合力夹击、施压下，朱家骅心有不甘但又无可奈何地于1957年10月22日辞去“中央研究院”代院长一职，1958年1月11日办理移交手续，只剩一个新聘的“总统府国策顾问”空冠戴回家中高挂于墙壁之上，以发思古之幽情，叹世事之无常了。

朱氏辞职后，蒋属意胡适回台继任，在胡一时不能回归之前，指令由李济暂代“中央研究院”院长职。未久，“中央研究院”按照惯例召开评议会推选新任院长，众评议员推举了三人，即胡适、李济、李书华，由“总统”圈点，胡适当然地进入圈内。据石璋如说：“做过驻美大使、北大校长的胡适先生，抗战中帮了中国不少忙，政治上坚决反共，（民国）四十几年大陆清算胡先生，台湾眼见大陆批胡，于是就捧胡，使台湾与胡先生合拍。若非大陆清算胡先生，以他的自由派立场，总统也不太放心的。当局既然有心按排胡先生出任中央研究院院长，自然就要虚位以待，朱先生必须辞职。”[43]

石氏的回忆再次印证，蒋介石早就想收拾朱家骅，只是没有一个适当的借口而迟迟未能得手，恰好这时胡适提出回台盖房著书立说，蒋氏决意要拿自己的稿费予以成全，看似违反常规，实则是一个倒朱扶胡的信号。这个信号朱家骅或许蒙在鼓里，或许已有警觉，但不管哪一种情形，到了这个时候已经显得不重要了，重要的是朱在什么时间下台的问题。当蒋介石等得不耐烦的时候，便抓住“中央研究院”人员“偷懒”这个不是问题的问题向朱开火。朱氏不堪重击，轰然倒地，而中共在大陆发起的“批胡运动”，又促使蒋做出反击的姿态并有明确的表示。如此这般，胡适像当年水泊梁山的及时雨宋江一样，顺利坐上了已落草台湾孤岛的“中央研究院”院长头把虎皮交椅。正可谓“时来天地皆助力，运去英雄不自由”，如此阴阳差错的命运交织，是朱家骅和胡适本人都始料不及的。