冯友兰总算明白了其中的一点奥秘，为此很有些懊悔地说：“如果我从解放以来，能够一贯采取老实态度……就可能不会犯在批林批孔时期所犯的那种错误。”[13]只可惜冯氏在这方面确实醒悟得太晚，后来发生的对江青“谗媚逢迎”，或许就是他所说的自己醒悟得太晚的悲剧吧。

就在冯友兰接到毛泽东书信五天之后的1949年10月19日，新成立的中央人民政府正式决定在原国民党政府“中央研究院”和北平研究院基础上成立中国科学院，任命郭沫若为院长，陈伯达、李四光、陶孟和、竺可桢等四人为副院长。中科院下设考古研究所、近代史研究所等人文科学和自然科学十多个研究所。其中在原北平研究院史学研究所和原中央研究院史语所部分人员基础上成立的考古研究所，由文物局局长郑振铎兼任所长，梁思永、夏鼐为副所长。1950年9月，中央博物院筹备处正式改名为国立南京博物院，隶属于中央文化部文物局领导，任命南京市军管会文教处处长徐平羽为院长，曾昭燏为副院长。与此同时，中共在全国教育科学界进行了一次规模庞大的整编与人事调整，如上海的同济大学原教务长、测绘学家夏坚白出任该校校长，原在昆明西南联大学潮中出力甚多和华岗出任山东大学校长兼党委书记等，一个全新的格局在教育、文化、科学界业已形成。

与冯友兰的糊涂相比，毛泽东一直是醒着的，他在指挥数百万枪杆子以武力推翻蒋家王朝夺得万里江山的同时，十分明晰地认识到，仅仅把原有的文化、教育、学术界各机构来个关停并转，选出几个新骨干予以领导是靠不住的。刚刚从国统区“转新”的一大批知识分子，尽管没有跟着老蒋跑到台湾或逃亡海外，但对共产党怀有观望心理。这些知识分子与即将在全国展开的施政方针格格不入。如此一个急转直下的剧变，在冯友兰等一般书生们看来是极其艰难的，但在身经百战的毛泽东看来却“如烹小鲜”般容易，因为前有苏联老大哥整肃知识分子的成功先例，后有强大的无产阶级专政工具，二者结合，自是攻无不克，战无不胜。毛泽东在权衡之后，按“擒贼先擒王”的中国古代兵法要领，首先对自由主义思想体系中最具影响和号召力的“反动头目”开火，这个“反动头目”显然不是急于献媚表忠心的冯友兰辈，而是冯友兰的老师、号称“五四精神”的楷模，具有自由主义风骨，一贯攻击中共理论与做法的学界“大鳄”胡适之。

尽管此时的胡适像《西游记》中的猢狲悟空一样，早已借混乱之机一个跟头跳出了如来佛的手掌心，蹦到了美利坚的国土上，但“人还在，心不死”，阴魂不散，精神的幽灵仍在中国大陆花果山水帘洞中徘徊，并在一帮徒子徒孙心目中发挥着别人无法替代的巨大感召力。只有先把胡适这个学术界的精神“教主”撂倒在地，压于五指山下，使其永世不得翻身，才能对满脑子自由主义的知识分子产生杀一儆百的震慑效果，也才能在新的天地里树立革命的、共产党的、毛泽东的绝对权威。——正是出于这样一种深谋远虑，继陈垣打出第一枪之后，批胡运动的号角在九州大地开始吹响。

1950年9月22日，香港《大公报》发表了胡思杜《对我父亲——胡适的批判》一文，文章是胡思杜在华北人民革命大学政治研究学院毕业时“思想总结”的第二部分。未久，此文又在《人民日报》与《中国青年》等报刊转载——这是胡适离开大陆，继老友陈垣首次向他射击之后打出的又一发子弹。极富历史况味的是，这颗子弹竟出自他的亲生儿子之手。