1937年，不屈不挠的尼利再次入选参议院，并发起了又一次全国性抗癌运动。这次他不再是孤军奋战，而是跟参议员荷马·伯恩（Homer Bone）和众议员沃伦·马格努森（Warren Magnuson）采取联合行动。到这个时候，癌症已经引起公众的广泛关注。《财富》和《时代》周刊的文章激起了公众的焦虑和不满，而政治家们则急于表现出具体的回应。同年6月，参众两院举行了一次联席会议，共同起草了一项立法来解决这个问题。经过初步的听证，该法案在国会火速通过了各种程序，于1937年7月23日得到一致通过。两周后，8月5日，罗斯福总统签署了“国家癌症研究所法案”（National Cancer Institute Act）。

该法案催生了一个国家级科学机构——国家癌症研究所（NCI）。该机构旨在协调各类癌症研究与教育。 研究所设立了一个科学家咨询理事会，成员来自各大学和医院。地点设在距离首都只有几英里 的郊区贝塞斯达（Bethesda），研究所拥有最先进的实验室、闪闪发光的大厅和会议室、绿叶覆盖的拱廊和花园。1938年10月3日，在为实验室建设破土动工之际，伯恩参议员信誓旦旦地宣布：“国家正集结全力征服癌症，这是有史以来鞭笞人类的最大祸害。”经过近20年几近徒劳无功的努力，一个“协调性对抗癌症的国家响应机制”似乎终于走上了正轨。

所有这一切都在朝正确方向迈出勇敢的一步，但这一步生不逢时。1938年初冬，贝塞斯达的国家癌症研究所园区刚刚启动几个月，世界就风云突变，对抗癌症的斗争被另一种战争带给世人的震撼所掩盖。这一年的11月，纳粹军队在全德国展开反犹太人的行动，将成千上万的犹太人赶进集中营。冬末，亚洲和欧洲各地爆发了军事冲突，为第二次世界大战揭开序幕。到了1939年，这些小规模冲突导致了战争全面爆发，1941年12月，美国也卷入了全球战火，再难脱身。

战争需要国家大幅调整“优先事项”的安排。国家癌症研究所曾希望把在巴尔的摩的美国海军医院，改组为临床癌症中心。随着战争的爆发，该医院被迅速改建成了一所战地医院。科研经费停滞，被分流到与战争直接有关的项目。科学家、游说者、内科医生和外科医生，从公众关切的“雷达屏幕”上消失了。一名研究人员回忆说：“大多数人都销声匿迹，他们的贡献通常在讣告中才能看到。”

人们也差点为国家癌症研究所写了“讣告”！国会承诺对“系统性抗癌响应机制”投入的资金从未兑现，国家癌症研究所也被打入“冷宫”。 40年代，研究所虽然配备了可以想象到的所有现代化设施，但是景色焕然的园区却沦为了一座“科学的鬼城”。一位科学家开玩笑地称它是“一处美好、安静的乡间僻壤。那些日子里在阳光充足的大窗户下迷迷糊糊地打盹儿很是惬意”。