1953年，第34任美国总统德怀特·戴维·艾森豪威尔上任伊始，做出了一个影响深远的决定，即设立一个不需要国会批准的总统国家安全事务特别助理的职位，后来称为总统国家安全事务助理，也称为国家安全事务顾问。国家安全事务顾问负责国家安全委员会的日常工作，其实际权力的大小，完全取决于总统的信任程度和政治需要。

总统国家安全事务助理相当于内阁成员级别，具有与内阁成员同等的权力，有时甚至比其他内阁成员的权力更大。美国前总统尼克松的国家安全事务助理亨利·阿尔弗雷德·基辛格，在打开美中关系方面上发挥了特殊的作用，令世界瞩目，使总统国家安全事务助理这个职位一炮而红，也使国家安全事务助理的权力达到了顶峰。

艾森豪威尔任命罗伯特·卡特勒为总统国家安全事务特别助理，并对国家安全委员会进行了整顿。卡特勒提出了一套改革方案，成立了国安会下属的计划委员会和行动协调委员会，使国安会成为美国军事、外交以及国内安全政策形成与执行的主要力量，成为协调国家安全部门和机构向总统提供建议和情报的主要工具，并具有指挥和监督执行总统决定的职能。

参加国家安全委员会会议的人员除了法定4名成员之外，还增加了国防动员办公室主任、参谋长联席会议主席以及财政部长。每次会议都要听取中央情报局长汇报影响美国国家安全的世界范围内的形势发展，讨论计划委员会提交的政策文件。一旦计划委员会提交的政策文件获得总统的批准，行动协调委员会将负责跟踪政府有关部门对政策文件落实的情况。

在艾森豪威尔的支持下，卡特勒的改革促使国家安全委员会的作用和机能向前大大迈进了一步，国安会的机构和人员进行了扩充，级别得到了提升，工作程序更加规范化和制度化。国安会定期每周四召开会议，在艾森豪威尔执政的8年里，共召开了346次会议，几乎每周一次，其中90％以上的会议都是艾森豪威尔本人主持。只有在艾森豪威尔外出或生病时，才由副总统主持。尽管艾森豪威尔与杜鲁门相比，大大提升了国家安全委员会的作用，但是他并没有削弱美国国务院的功能，国务卿依然是美国总统对外政策的发言人。

从1961年开始，在35任总统约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪和36任总统林登·贝恩斯·约翰逊执政的8年期间，由于他们与前任总统的执政风格大不相同，国家安全委员会的地位和作用大幅下降。肯尼迪上台后，解散了艾森豪威尔留下的国家安全委员会的工作班子，如行动协调委员会，把国安会的职能分散到政府的其他有关部门；缩小国安会的规模，把国安会的工作人员由74人减少到49人；减少参加国安会会议的人数；召开会议的次数也大幅减少，在他执政的3年期间，国安会只召开过45次会议。肯尼迪喜欢把外交政策的决定权和实施大权集中到白宫，更多地依赖国家安全顾问的作用。1963年11月22日，肯尼迪总统遇刺，副总统约翰逊上任。约翰逊采取召开小型秘密顾问会议的方式，对国家安全和外交政策问题进行讨论和决策，取代国家安全委员会的功能，从而使国家安全委员会几乎名存实亡。

1969年1月，美国第37任总统理查德·米尔豪斯·尼克松上台后，任命基辛格为总统国家安全顾问。基辛格立即对国家安全委员会进行整顿，在国安会下设立一系列的工作小组，小组成员由总统和国家安全顾问共同任命，所有的小组都由基辛格直接领导和指挥。国家安全委员会的规模和影响力快速上升，很快成为美国总统讨论国家安全和外交政策的主要机制，其执行力也得到了大大加强。与此同时，基辛格个人的作用超限膨胀，他不仅成为尼克松总统的白宫总管和首席顾问，而且成为总统外交政策的发言人和执行者。