《生态经济学在主体功能区中的应用研究》系统地研究了生态经济学在主体功能区中的应用。全书可以分为三个部分。第一部分为全书的研究奠定了基础，介绍了写作背景和意义，全面梳理了相关领域的研究现状和成果，从总体上概述了主体功能区和生态经济学的基本理论和研究方法。第二部分是全书的核心部分。第三章从宏观上阐述了主体功能区的生态经济学基本理论依据，在生态经济学领域中探讨了对主体功能区的深层次解析；第四章研究了主体功能区划分的生态经济学直接理论依据，生态经济区划理论为主体功能区的划分提出了思路和原则；第五章研究了生态经济学视野下主体功能区的规划，生态经济学从三个方面为主体功能区的规划提供了指导；第六章研究了主体功能区的生态补偿，揭示了主体功能区生态补偿的原因、价值基础、补偿原则和有效的补偿模式。第三部分是对前文研究的实践应用。第七章以山东省的主体功能区建设为实例，探讨了生态经济学的应用。
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