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在开始之前 1
引言 1
为什么要写这本书？ 1
为什么只针对生物学家？ 2
需要使用特定计算机或程序吗？ 2
写给使用这本书自学的读者 3
写给使用这本书的教师 3
超越这本书 4
如何使用好这本书 4
第一部分 文本文件
第1章 开始设置 9
关于文本文件的操作介绍 9
什么是文本文件 9
在一个文本文件内组织数据 10
文本编辑器 11
安装TextWrangler 11
在文本编辑器里优化文本外观 12
行尾结束符 13
示例文件 13
安装示例文件 14
探索示例文件 14
总结 15
第2章 正则表达式：强大的搜索和替换 16
一种用于搜索和替换的广泛语言 16
了解这个新工具箱的组件 17
设置文本编辑器 17
你的第一个通配符：\\w 代替字母和数字 19
用()来捕获文本 20
量词：用+来对应一个或多个实体 21
用\\进行标点符号字符转义 23
更为特殊的搜索项：\\s \\t \\r.\\d 24
示例：分子数据文件的重新格式化 25
关于生成正则表达式的评论 26
总结 27
第3章 探索正则表达式的灵活性 28
字符集：定义你自己的通配符 28
用[]定义定制的字符集 28
应用自定义字符集 28
否定字符集：用[^]定义自定义字符集 30
边界：^开头和$结尾 31
使量词更加精密 32
另一个量词：*为零次或多次 32
用？修改贪婪程度 33
用{}符号控制匹配的数量 33
把所有都放在一起 34
生成替换关键词 35
构建可靠的搜索 36
总结 37
进一步学习 38
第二部分 Shell命令
第4章 命令行操作：shell 41
初次接触：不要惧怕命令行 41
开始了解shell然后产生兴趣 42
开始了解shell 42
文件系统的命令行视图 43
路径 44
利用shell在计算机里遨游 45
用ls列出文件，用pwd找出你在哪里 45
如何用cd来回移动位置 47
用~表示主目录 48
用mkdir和rmdir来添加和移除文件夹 49
复制文件 49
移动文件 51
命令行快捷键 51
向上箭头键 51
Tab 52
用命令行参数来修正命令的行为 53
用less命令浏览文件内容 54
在命令行中使用man命令查看帮助文件 55
命令行最终会使你的操作更容易 55
路径描述中的通配符 55
复制和移动多个文件 56
结束你的终端会话 57
总结 57
推荐阅读 58
第5章 在shell中处理文本 59
用nano在命令行里编辑文本文件 59
控制shell里的数据流 61
用>重定向输出到一个文件 61
用cat来显示和连接文件 62
用grep在命令行中使用正则表达式 64
处理一个大数据集 64
从文件中抽提特定的行 64
用管道|将输出从一个程序重定向到另一个程序 66
用grep跨越搜索多个文件 67
改善grep的行为 68
用curl获取Web上的内容 69
其他shell命令 71
总结 72
第6章 使用shell编写脚本 73
组合命令 73
搜索路径 73
命令行如何找到它应执行的命令 73
创建你的工作区—脚本文件夹 75
编辑你的.bash_profile文件来进行个性化设置 76
检查你的新$PATH 77
把文本文档型文件转变为软件 78
#!控制脚本文本用何种程序解释 79
通过调整权限使文本文件可以被执行 79
生成自动脚本 81
批量复制文件 81
灵活的文件重命名 84
运用curl自动检索参考文献 86
用curl编写脚本的几个常用方法 88
用Alias创建快捷别名 88
总结 89
进一步学习 89
第三部分 编程
第7章 编程组件 93
程序是什么？ 93
接下来几章的目标 93
实际编程 94
变量 95
变量的剖析 95
基本变量类型 96
能够容纳其他变量的变量 97
数组和列表 97
不同类型之间的转换 99
运行中的变量 99
数学运算符 99
比较运算符与逻辑运算符 100
函数 101
流控制 102
用if语句做决策 102
由for与while构成的循环 103
使用列表和字典 104
列表 104
字典 105
其他数据类型 105
输入和输出 106
用户交互 106
文件 106
库和模块 107
注释语句 108
对象 108
总结 109
第8章 开始使用Python编程 110
为什么选择Python 110
编写程序 111
开始运行程序 111
构建dnacalc.py程序 112
简单的print语句 112
len()函数 114
使用str()、int()和float()转换变量类型 115
内置字符串函数.count() 116
整数和浮点数的数学运算 116
使用#添加评论 118
使用%运算符控制字符串格式 118
获取用户输入 120
使用raw_input()收集用户输入 120
用.replace()和.upper()整理变量 121
回顾你的程序 123
总结 123
第9章 决策与循环 124
Python交互式提示符 124
获取Python的帮助 126
向dnacalc.py里添加更多的计算内容 127
if 条件语句 127
使用缩进指定代码块 128
逻辑运算符 128
if 语句 129
else:语句 130
for循环介绍 132
列表简介 132
在proteincalc.py中写入for循环 133
创建字典 133
其他字典函数 139
应用你学会的循环技能 140
回顾列表 140
列表的索引 141
从列表中解包多个值 143
用range()函数定义一个列表 143
列表和字符串的比较 145
列表和字符串之间转换 146
向列表中添加元素 147
从列表中删除元素 148
查找列表的内容 148
给列表排序 148
识别列表及字符串中独有的元素 149
列表推导式 150
总结 152
进一步学习 153
第10章 读取与写入文件 154
目标概述 154
从文件中逐条读取每一行内容 156
读取数据文件之前的注意事项 156
打开并读取文本文件 157
用.strip()删除行尾字符 159
跳过标题行 159
从行中解析数据 160
将行拆分为数据字段 160
从列表中选择元素 161
写入文件 162
扼要重述文件的基本读写过程 164
使用正则表达式解析值 165
导入re模块 165
通过re模块使用正则表达式 165
re.search()与re.sub()的使用总结 167
使用def创建自定义Python函数 168
用新格式打包数据 173
检查标记语言 173
在转换期间保留信息 174
转换为KML格式 174
KML文件格式 174
生成KML 文本 175
总结 179
进一步学习 179
第11章 合并文件 180
从多个文件中读取数据 180
使用sys.argv获取用户的输入内容 181
将所有参数转换为文件列表 183
使用sys.stderr.write()提供反馈 184
循环遍历文件列表 185
打印输出并生成标题行 187
避免硬编码软件 187
文件读取的其他应用 190
总结 192
进一步学习 192
第12章 模块与库 194
导入模块 194
更多来自标准库的内置模块 196
urllib模块 196
os模块 197
math模块 197
random模块 198
time模块 199
第三方模块 200
NumPy 201
Biopython 202
其他第三方模块 203
制作自己的模块 204
继续深入学习Python 205
总结 206
进一步学习 206
第13章 调试策略 207
在调试中学习 207
通用策略 208
建立工作元素 208
思考你的假设 208
具体的调试技术 209
隔离问题 209
编写冗长的软件 210
错误信息及其含义 211
常见的Python错误 211
shell错误 212
让你的程序更有效率 212
优化 212
使用try和except来处理错误 213
当你实在被困住时 214
总结 215
进一步学习 215
第四部分 多种方法合并
第14章 选择和组合工具 219
你的工具箱 219
数据处理任务的类别 219
获取数字数据 219
重新格式化文本文件 222
综合考虑 226
总结 226
进一步学习 226
第15章 关系型数据库 227
电子表格和数据组织 227
数据管理系统 229
剖析一个数据库 230
安装MySQL 231
开始使用MySQL和SQL 233
连接到命令行中的MySQL服务器 233
创建数据库和表 235
向表中添加数据行和显示表的内容 239
在Python中与MySQL进行交互 240
解析输入的文本 241
从数据中构造SQL 243
从Python中执行SQL命令 244
将文本文件导入到表格中 249
创建ctd表 250
用LOAD DATA命令导入数据文件 251
以SQL文件的形式导出和导入数据库 253
用SQL探索数据 253
用SELECT和COUNT命令汇总表 253
用GROUP BY校对数据 255
SQL中的数学运算 256
用WHERE对行进行精确选择 256
用UPDATE修改行 259
跨表选择数据 260
使用Python 生成输出 262
继续向前看 264
数据库用户和安全性 264
创建一个root密码 265
添加一个新的MySQL用户 265
总结 266
进一步学习 267
推荐阅读 267
第16章 高级的shell和管道命令 268
其他有用的shell命令 268
用head和tail提取行 268
用cut提取列 268
用sort对行排序 270
用uniq分离出独有的行 271
鄂公网安备 42010302001612号 