瘤牛抗病力分子机制研究

目录
第1章 家牛品种资源概况1
1.1 普通牛和瘤牛的外形差异 1
1.2 普通牛和瘤牛的抗病力差异 2
参考文献 2
第2 章 候选基因、DNA甲基化、microRNA与蛋白质组学简况 4
2.1 候选基因 4
2.1.1 Toll样受体家族 4
2.1.2 RLR家族 7
2.2 DNA甲基化 9
2.2.1 DNA甲基化的定义与特征 9
2.2.2 DNA甲基化在哺乳动物中的应用 10
2.3 microRNA 11
2.3.1 microRNA的定义 11
2.3.2 microRNA的作用 12
2.3.3 microRNA在家牛中的应用 13
2.4 蛋白质组学 15
2.4.1 蛋白质组学在家牛疫病方面的研究进展 15
2.4.2 蛋白质组学在家畜研究中的应用 18
参考文献 19
第3章 候选基因序列变异与普通牛和瘤牛间抗病力差异分析 28
3.1 Toll样受体基因序列变异与云南普通牛和瘤牛间抗病力差异分析 28
3.1.1 材料与方法 28
3.1.2 结果与分析 31
3.1.3 讨论.41
3.2 RIG-Ⅰ样受体基因序列变异与云南普通牛和瘤牛间抗病力差异分析 44
3.2.1 材料与方法 44
3.2.2 结果与分析 44
3.2.3 讨论 53
参考文献 53
第4 章 基于全基因组重亚硫酸盐测序的普通牛与瘤牛的DNA甲基化差异分析 56
4.1 材料与方法 56
4.1.1 实验材料 56
4.1.2 实验方法 56
4.1.3 数据分析 57
4.2 结果与分析 59
4.2.1 WGBS数据质量控制和序列比对 59
4.2.2 数据统计和覆盖度分析 60
4.2.3 甲基化C分布趋势分析 61
4.2.4 碱基偏好性 66
4.2.5 甲基化图谱 66
4.2.6 差异甲基化分析 68
4.2.7 GO功能分析 70
4.2.8 KEGG通路分析 72
4.3 讨论 73
参考文献 76
第5章 普通牛和瘤牛肝、脾组织中microRNA的鉴定及差异表达分析 78
5.1 材料与方法 78
5.1.1 实验材料 78
5.1.2 实验方法 78
5.1.3 数据分析 78
5.2 结果与分析 84
5.2.1 高通量测序数据结果 84
5.2.2 已知miRNA和新miRNA的鉴定及分析 85
5.2.3 各样本miRNA的表达分析 86
5.2.4 已知miRNA和新miRNA的差异表达分析 88
5.2.5 差异表达已知miRNA的靶基因预测 89
5.2.6 差异表达已知miRNA靶基因的功能富集分析 90
5.2.7 RT-qPCR验证miRNA的表达分析 96
5.3 讨论 98
参考文献 101
第6章 普通牛和瘤牛肝、脾组织的比较蛋白质组学研究 103
6.1 材料与方法 103
6.1.1 实验材料 103
6.1.2 实验方法103
6.1.3 数据分析105
6.2 结果与分析 107
6.2.1 肝、脾组织蛋白质的质谱结果 107
6.2.2 差异蛋白分析 108
6.2.3 蛋白质GO功能注释分析 109
6.2.4 蛋白质KEGG通路分析 113
6.2.5 参与原虫疾病通路的差异蛋白分析 119
6.2.6 PRM验证差异蛋白的结果分析 121
6.3 讨论 123
参考文献 127
附录 131