1.《清代巡台御史奏折汇编》收集北京中国历史档案馆、台北故官博物院以及台北“中央研究院”历史语言研究所等单位典藏的自康熙六十一年至乾隆四十七年间历任巡台御史的相关奏摺。2.部分任满巡台御史奏摺有涉及台湾者，亦酌予收入。3.另外，与巡台御史制度及巡台御史个人有直接关系的上谕和其他大臣的奏摺以附录一的形式附在巡台御史的奏摺之后，以便读者查阅。4.首任巡台御史黄叔？？着有《南征记程》一卷，以日记的形式详细记录了自京师出发至台湾任所的路缝及沿途见闻，始于康熙后壬寅正月，而迄于是年六月，对于我们了解当年巡台御史自京赴台的路綫与艰辛过程有不少帮助，作为附录二，附在书后。5.巡台御史奏摺按其奏文末尾标注的上奏时间依序排列。部分奏摺上奏时间缺损，只有朱批时间，就依朱批时间排列，并用括弧注明。如“乾隆九年八月初三日（朱批）”。6.个别奏摺既无上奏时间，又无朱批时间，但可按相关的资料推测出时间的，就标注出推测的时间，并用括弧注明。如“乾隆八年四月初六日（推测）”。7.奏摺中原来表示敬意的抬头顶格、空格等格式一律取消，按目前正常书写格式排版，并加上现代汉语的标点。标点的目的主要是为了断句，使读者可以准确理解和把握奏摺原文的意思，并使之更适合于现代的阅读习惯，而非令原来没有标点符号的古代文献来适应当今的汉语规范和格式。8.奏摺原文无分段，现根据奏摺原文的内容，适当予以分段，以便阅读。
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