本书的上篇主要论述有机（类）肥料的定义和意义、有机（类）肥料产业发展和研究现状与未来等内容，尤其是对有机（类）肥料的概念做了比较详细的论述，希望读者阅读后能够理解有机（类）肥料与传统有机肥的区别。本书的中篇主要介绍商品有机（类）肥料制造技术与工艺及其相关设备以及堆肥和生物有机肥制造中微生物群落演替与物质转化偶联关系等相关内容，这部分内容对于目前我国3000多家有机肥企业有一定的指导意义，因为这些技术工艺都是近20年来作者团队与企业紧密合作摸索出来的经验与知识。本书的下篇比较详细地论述了施用有机（类）肥料在提高土壤肥力和调控土壤微生物区系等方面的效应与作用机制，重点介绍了核心功能微生物菌株的作用机制、利用含核心菌株的有机（类）肥料调控（根际）土壤微生物区系和土壤微生物分子生态。本书内容主要是总结了南京农业大学“有机肥与土壤微生物”研究团队（神农中华农业科技奖优秀创新团队）30多年来的相关研究结果，作者一方面以通俗易懂的语言风格撰写本书的技术部分，以便让广大农民和肥料企业家理解消化吸收；而另一方面，基于解析科学问题出发，将有机（类）肥料制造和施用中的微生物区系与功能及其调控紧密联系起来，形成我国土壤肥料研究领域的“学术创新成果”。本书的技术内容主要基于作者团队近年来获得的80多件中国发明专利和实用新型专利，而科学内容主要来自作者团队近年来公开发表的200多篇SCI论文和200多篇国内核心刊物论文。
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