本书（四册四七六面二八五、六○○字）分四卷，系由「明清史料」甲编、乙编、丁编、戊编及己编选辑清初敉平南明江、浙、皖、赣等省抗清运动有关档案而成。当年南明之坑清，由福、鲁、唐、桂诸王相继监国、继统与之相持；东南各地倡义响厅，风起云涌。有关清廷应付台湾郑氏之一切档案，已另汇辑「郑氏史料」，分刊第一五七种「郑氏史料初编」、第一六八种「续编」及第一七五种「三编」。本书即就关涉郑氏以外之资料汇辑，总名曰「南明史料」。计卷一有六十二件，自顺治二年迄四年：卷二有四十八件，自顺治五年迄七年；卷三有三十件，自顺治八年迄九年；卷四有五○件、自顺治十年迄康熙元年：全书共收一九一件。凡此文件；虽然充满「叛贼」、「寇逆」之类字样，却适足反映当时东南各省民族情绪之高昂与抗清运动之激烈。本书应与「郑氏史料」并读，方可获得南明抗清之概观。
崇祯十七年（一六四四）三月北京沦陷、明思宗殉国之后，吴三桂便引清兵入关，扫除「流寇」，占有黄河流域。同时，明朝的宗室和遗臣也在南京成立政府，力谋匡复。不幸福王昏庸，马、阮专权，到第二年（一六四五）五月里，南都就又覆亡了。于是鲁王监国于绍兴，唐王称帝于福建。他们虽然相继失败，但还有郑成功在东南沿海、桂王在两广黔滇继续抵抗清朝。后来桂王失败了，郑成功的子孙却仍以台湾为反清复明的基地，仍用桂王的年号，直到永历三十七年（一六八三）纔为清朝的征服。所以清朝从顺治元年（一六四四）入关起，到康熙二十二年（一六八三）平定台湾止，要经过四十年的用兵，纔得统一中国。因此，这四十年是清朝统一中国的时期，也是南明努力奋斗的时期。
当清兵南下破扬州、陷金陵、转攻浙闽的时候，东南一带，民族情绪激昂到极点，各地起义抗拒清兵的不可胜数。如给事中陈子龙、吏部主事夏允彝等起兵松江，兵部主事吴易、举人孙兆奎等起兵吴江，行人卢象观奉宗室瑞昌王起兵宜兴，中书葛麟、主事王期升等奉宗室通成王起兵太湖，主事荆本彻、员外郎沈廷扬等起兵崇明，副总兵王佐才起兵昆山，典史阎应元、陈明遇等起兵江阴，佥都御史金声与邱祖德、尹民兴、吴应箕等起兵徽州宁国。江西方面，则有益王据建昌起事、永宁王据抚州起事、兵部侍郎杨廷麟据赣州起事。他们或近受鲁监国的节制，或遥与唐王通声气（见稻叶君山「清朝全史」第二十六章明人恢复事业之悉败上）。监国元年（一六四六），鲁王被迫航海，走厦门。四年（一六四九），张名振迎鲁王入浙，占据舟山。于是浙江方面的反清运动又盛极一时，温、台、宁、绍诸遗民乘间争结山寨的不下数百处，而以四明大兰山王翊之军、上虞东山李长祥之军、上虞平冈张煌言之军为较坚整（见魏源「圣武记」卷八国初东南靖海记）。他们的反清运动虽都失败了，他们的热血丹心却被记载下来；如查继佐的「罪惟录」、「东山国语」和温睿临的「南疆绎史」等书便叙述了许多这些志士们的事迹。
这部「南明史料」是从中央研究院历史语言研究所刊布的「明清史料」各编中选辑出来的。凡分四卷：卷一有六十二个文件，自顺治二年迄四年；卷二有四十八个文件，自顺治五年迄七年；卷三有三十个文件，自顺治八年迄九年；卷四有五十一个文件，自顺治十年迄康熙元年。全书共计收了一百九十一个文件，多数是清朝平定江、浙、皖、赣等省的军事报告和奏请制裁或招抚各地反抗分子的文件。虽然这些文件里充满了「叛贼」、「逆寇」之类的字样，但很可以看出当时东南各省民族情绪的高昂和反清运动的激烈，而为研究南明史事的好资料。因此，我们称这部书为「南明史料」。
郑成功及其后人的抗清复明事业，原亦属于南明范围，但因史料分量过多，另编「郑氏史料」。所以这部「南明史料」的内容是以江、浙、皖、赣为中心的。但其中有些事情，也未尝不与郑氏有关，应请读者参阅「郑氏史料」。
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