当然，后来约翰·洛克所属的教会对他也很不满。1968年，在教皇通谕《人类生命》（Humanae.Vitae）中，教皇保罗六世宣布口服避孕药和其他所有人为的节育手段为不合法行为。在20世纪60年代激起有关节育的热情和迫切的争论，如今已然成为一种记忆。然而，约翰·洛克仍然麻烦不断，只是因为在与教会和解时，他在工作中犯了错。这不是一个蓄意的过错，只是在他死后才闹得沸沸扬扬，尽管他无法预料到科学进步得如此神速。但是，因为那个过错是他在研究避孕药时犯下的―避孕药是什么，药理如何，尤其是服药意味着什么，因为约翰·洛克是避孕药得以面世的几位相关责任人之一，因此每当人们一想到避孕，他的过错便愈发凸显出来。

约翰·洛克认为口服避孕药是一种.“自然”的节育手段。他的意思并不是指服用后会感觉很自然，显然对许多女性来说服药后的感觉不是这样，尤其是在药品研发初期，那时药里所含荷尔蒙的剂量是如今的数倍。他意指避孕药使人体像自然方式一样工作。仅当每个月的某一段时间，女性才有受孕的机会，因为在排卵后她们的身体会迎来性激素孕酮含量的高峰。孕酮―作为激素水平，也就是人们熟知的孕激素的一个标志―为子宫培植受精卵和使输卵管停止释放新的卵子作准备。这有助于怀孕。“对于健康的女性而言，孕酮可以抑止排卵，从而形成月经前和月经后的‘安全期’。”洛克写道。当女性怀孕时她的身体会产生大量的孕酮，部分出于同样的原因。这样一来，另一个卵子就不会再排出和威胁妊娠。换句话说，孕酮是自然的避孕药。那么，口服避孕药是什么？它是以片剂形式存在的孕酮。当女性服用避孕药时，这些性激素含量当然不会在排卵后突然升高，而她的月经周期也不会局限于某一时段。她们服用一定的剂量，这样排卵便在一段时间内永久性地闭合。她们也服用额外剂量的雌激素，这可以使子宫内膜保持完整―正如我们已经了解到的，也有助于保持其他组织的完整。但是对洛克来说，把握时机和性激素的调整不是问题，关键是避孕药的成分能够自然地进入身体里。在“自然状态”这个问题上，他遇到了大量神学上的挑战。

譬如1951年，教皇庇护十二世为天主教徒钦定了安全期避孕法，因为他将其看做是控制生育的“自然”方法：既不会像杀精剂那样杀死精子，也不会像子宫帽或者损害生殖器官那样破坏正常的生育过程。洛克对安全期避孕法当然非常了解。20世纪30年代，在马萨诸塞州布鲁克林的自由妇产医院，他便开始为受到良好教育的天主教徒夫妇进行了这个国家首例安全期临床自然避孕诊断。但是，安全期避孕法到底是如何发挥作用的呢？它的机理是在孕酮激增的安全期限制性欲。而避孕药是如何发挥作用的呢？它的机理是通过使用孕酮将安全期延长到整个月份。避孕药不会损害生殖器官或者破坏任何自然的生育过程。“确实，”洛克写道，口服避孕药也许以一个‘由药片建立起来的安全期’为其特征，似乎与安全期避孕法具有同样的道德内涵。”按照洛克的说法，避孕药不过是自然避孕的辅助工具而已。

1958年，教皇庇护十二世颁布圣谕，允许天主教徒使用避孕药，只要它的避孕效果是间接的―就是说，只要它仅被用做治疗诸如令人痛苦的月经痛或子宫疾病的一种药品。勇敢的洛克不会就此罢休。他清楚，短期使用避孕药能够调节那些无法预测下一次经期的女性的月经周期。因为有规律的月经周期对于成功实施安全期避孕法是非常必要的。既然安全期避孕法是教会钦定的，那么教会能允许月经周期不规律的女性通过服用避孕药来改善安全期避孕吗？如果允许的话，为什么不沿着这个逻辑再前进一步呢？正如联邦法官约翰·努南（John.T..Noonan）在《避孕》（Contraception）中所写的那样，他站在天主教的立场上回顾了节育史：

如果抑制排卵以便使月经周期具有规律性，旨在做到不育性交是合法举措的话，为什么在没有诉诸安全期避孕法的前提下抑制排卵就是非法的呢？倘若怀孕可以通过口服避孕药外加安全期避孕法加以避免的话，为什么不可单独使用避孕药呢？在每一种情形里，都是把抑制排卵作为一种避孕手段。通过延长安全期避孕法，怎么就会出现道德差异了呢？