就在五家机构的古物、图书、档案等仓皇运台的同时，翁文灏见国民党大势已去，遂决定独自开溜，于1948年11月26日辞行政院长职，由孙科继任并重新组阁。混乱中，原决定中央研究院各所人员全部迁台的计划竟没有几人响应，多数人员仍要在南京、上海“静观待变”。陶孟和等人则明确反对迁台，坚持要留在大陆，静候共产党军队到来接收。11月30日，陶孟和参加在京人员谈话会时，见不可一世的国民党大佬与一群公公婆婆即将倒下，感到自己终于可以吐一口恶气，倒一倒若干年来肚中的苦水了。遂腰杆子突然硬将了起来，毫不客气地对朱家骅说：“搬不搬要同全所同人商量，以多数人意见为依归。”[11]

12月9日，面对朱家骅的催促，陶氏以所务会已开过，“全所人员多一票”决定不迁回复。朱氏听罢又急又怒，当场以“出席人员中包括助理研究员，不符合规定”为理由，强行令全所搬迁，但陶却置之不理，并以各种办法拖延。面对朱家骅步步进逼，陶孟和给社会学所的同仁打气说：“朱家骅是我的学生，我可以顶他，他不敢把我怎么样。”[12]意思是你们这些小的们不要怕，一切事由我这棵大树顶着。1949年5月，竺可桢由杭州潜往上海，听任鸿隽、陈衡哲夫妇说：“陶孟和颇赞成共产，近来大发议论，于首都陷落前赴京……”[13]此时的陶孟和决心拉着手下弟兄离开即将崩盘的梁山泊聚义厅，弃暗投明，接受新一轮招安，因而朱家骅的一切努力皆成徒劳。

在中央研究院各研究所中，只有傅斯年主持的史语所在迁台事宜上表现得较为积极，但真要离开生于斯、长于斯的家园，其彷徨、犹豫、痛苦也在心头萦绕不去。据陈槃回忆：“当首都仓皇之日，时有陈布雷、段锡朋二氏之殁，师（傅斯年）因精神上大受刺激，悲观之极，顿萌自杀之念。而师未于此时殉国者，赖傅夫人爱护防范之力也。”[14]陈氏之说后来得到了俞大綵的证实。当时俞正准备陪母亲去广州、香港就医，傅斯年的弟弟傅孟博暗中劝俞不要离开，俞大綵说：“那时我的母亲患严重心脏病住院，大姐大絪，以南京危在旦夕，决奉母先飞广州，转香港就医，她要我同行，与她共同随机照顾病母。我虑及孟真旧病复发，加以他感时忧国，情绪极劣。母亲重病在身，长途飞行，极感忧虑，左右为难，不知何所适从商之于孟真。他毫不迟疑地说：‘你母亲病情严重，此行如有不测，你未能尽孝，将遗恨终生。你非去不可，不要顾虑我。’我略整行装，准备隔日启程，当夜孟博赶来痛哭流涕，责备我不该离开孟真。他说：‘你难道不知道哥哥随身带着一大瓶安眼药，一旦匪军攻入，他便服毒自尽么？那时，你将何以自处？骨肉情深，感人肺腑，我们相对涕泣，我便放弃了广州之行。”[15]

陈槃的回忆当是可信的，与傅氏一度友善的北大教授、汪伪国民党中央常委兼宣传部长，1941年后为蒋介石侍从室秘书、《中央日报》总主笔陶希圣，也曾有过类似的回忆。陶说：“在徐蚌战事失利之后，我到鸡鸣寺去看孟真；历史语言研究所的图书都在装箱，他的办公房内也是箱箧纵横。他告诉我说：‘现在没有话说，准备一死。’他随手的小箧里面藏着大量的安眠药片。”[16]