眼看这位学生无力阻止，中共方面又转而找到倾向共产党的陶孟和对李济委婉相劝，李仍不买账，决定一意孤行，并对陶曰：“如果你陶孟老能保证这批古物不在战争中被毁，并有科学证据说服众人，同时能担当起这个责任，那我就放弃。”陶孟和当然拿不出科学证据，更不敢担当这份与江山社稷紧密相连的“国之重器”存亡之重责，于是乃罢。对此，李济以讥讽的口气说道：“你陶孟老不是也带人跑到上海的租界躲起来了吗，对于我们做的事又横加指责，这不是五十步笑百步吗？台湾与南京同为中国的领土，并不是外国人的领地，在整个大陆都笼罩在炮火的非常时刻，中华民族的珍宝应该放到祖国领土最安全的地方去，这是人所共知的常理，陶孟老也不要揣着明白装糊涂，为自己在政治上做投机取巧的打算才是。何况《左传·宣公三年》周朝王孙满对楚子有言：‘成王定鼎盛于郏，卜世三十，卜年七百，天命所也。周德虽衰，天命未改。鼎盛之轻重，未可问也！’中山先生谛造之伟大中华民国，还没有到玉石俱焚的时候。”[7]陶孟和听罢，感到自己也不过是这个战乱年代的一叶漂萍而已，打算固然有，但人微言轻，哪里能阻止得了如此重大的事宜？遂不再强劝和阻拦。

1948年12月20日，满载国之重宝的“中鼎”号军舰拔锚起程，由上海进入激流汹涌的台湾海峡，向陌生、神秘的基隆港驶去。在行程中，因“船是平底的，遇到风浪，船摇摇摆摆，颠簸不定，船上的箱子又没捆好，船向左倾，箱子便滑到左边来。向右倾斜，箱子又滑到右边去了，隆隆之声，不绝于耳。海军司令又托船长带了一条狗。它又在那里不住地狂吠，加以风声、涛声，这些押运人员直觉得是世界末日要到了”。[8]军舰在大海里颠簸了一个星期，直到27日才到达基隆港。后来，据随李济押运的那志良听中央图书馆馆长蒋复璁说：“在古物装上船后，又传来几天前在海峡，海浪打沉一条船的消息，许多老友劝李济不要跟船走，李回答说，物在人在，免得子孙唾骂千年。从南京到基隆，文物安全抵达，老先生也差点瘫倒，其精神压力之大可想而知。” [9]

由于前方战事吃紧，海军一时无船可派，第二批运输珍物包租了一艘招商局的海沪轮，该船船舱较大，仅史语所的古物、资料就装载了934箱。1949年1月6日海沪轮拔锚起航，仅三天即到达基隆。

第三批是海军部派来的一艘“昆仑”号运输舰，当古物装载时，海军部的人员眷属拖儿带女呼呼隆隆地拥向船舱抢占座位。杭立武仍用老办法请出海军司令桂永清前来劝阻。此时国民党军战事更为不利，人心越发焦灼慌乱。那志良说：当桂永清命令众人下船时，“大家都哭了，希望老长官原谅他们，帮他们的忙。那种凄惨的样子，使得总司令也落了泪。他没有办法可想，只有准许他们随船去了”。[10]

该舰自1949年1月29日开出，直到2月22日才抵达基隆港。至此，五家机构共4286箱古物、资料、珍贵图书、档案等全部运完，无一件损坏。故宫博物院南京分院运去的珍贵文物就多达2972箱，这批文物后来存放于台北故宫博物院。而史语所仅“内阁大库”档案就多达311914卷（册），其中明代档案3000多卷（件）。这批珍宝与其他文物先借放于台北杨梅铁路局仓库，后转南港史语所办公大楼资料库永久保存。