蒋氏回忆的最后这个细节特别令人难忘，在如此艰危的情形中，蒋介石居然连一箱珠宝也记得清楚并挂然于心，可见他对这批立足之本的重视程度和考虑的细致入微。除把约10亿美元的黄金和银元连同蒋经国后来披露的当时不为外人所知的珍宝秘密运台外，根据国民政府训令，科学教育界能搬迁的人、财、物尽量搬迁，先以台湾大学为基地，而后慢慢站稳脚跟，以达“求生存、图发展”的目的。因台湾大学原校长庄长恭履任半年就携眷悄然向当局呈请辞职开溜，国民政府决定由傅斯年接任台大校长，着力经营关乎科学教育这一立国之本的重要基地。经蒋介石批准，朱家骅和傅斯年多次晤谈，傅勉强表示从命，欲“跳这一个火坑”。

1948年11月10日晚，国民政府行政院长翁文灏以故宫博物院理事长身份，召集朱家骅、王世杰、杭立武、傅斯年、李济、徐森玉等故宫和中博两院理事在官邸举行谈话会，决定先把当年运往伦敦展览的精品文物500箱运往台湾，同时将中央研究院史语所、中央博物院筹备处、中央图书馆等机构的主要文物、图书一并运往台湾，并由朱家骅向蒋介石呈报，争取海军派军舰押运。

11月26日，在南京国民党中常会扩大会上，派骨干分子陈立夫等人猛烈攻击教育部长朱家骅镇压学潮不力，当场要其下台。朱氏心力交瘁、吐血病倒，但在胡适、傅斯年等人的强力支持下，仍咬牙苦撑，坚不去职。几天后，朱家骅从病床上爬起来，奉命召开“中央研究院在京人员谈话会”，由总干事萨本栋主持，分别召集在京的七个研究所负责人及相关人员参加。出席会议的有傅斯年、李济、陶孟和、姜立夫、陈省身、张钰哲、俞建章、罗宗洛、赵九章等，会议紧急商定了几条应对措施：立即停止各所的基建、扩建工程，原备木料全部制成木箱以备搬迁之需；各所尽快征询同人意见，做好迁台准备。眷属可自行疏散，或于十日内迁往上海，可能出国者尽量助其成；南京地区文物、图书、仪器、文卷等先行集中上海，由安全小组封存，伺机再南运台湾等。会议之后，各所组织人员携公私物资陆续向上海撤退，“静观待变”。

于是，故宫博物院南京分院、中央博物院筹备处、中央图书馆、中央研究院历史语言研究所、外交部档案室等五机关联合组成统一机构，将所藏的珍贵文物、图书和历史档案、外交档卷等装箱运往台湾。本次迁运，由教育部次长、故宫博物院理事会秘书、中央博物院筹备处主任杭立武全权指挥。

待一切准备就绪，由蒋介石特批，海军司令部派来“中鼎”号运输舰与一个排的官兵协助装运。此时整个国统区已是人心惶惶，流言四起，慌乱无计，纷纷设法出逃。据当时参加装运的南京故宫博物院人员那志良回忆说：“海军部人员听说有船开往台湾，大家携家带眷带了行李，赶来搭便船，船上挤满了人。我们觉得对文物安全是有问题的，由杭立武先生找来海军司令桂永清解决这事。他上了船，百般劝慰，说另有船疏散眷属，他们才相继下船。”[5]

此船共装运五家机构运来的古物、标本、仪器、历史档案、外交文书等772箱，由李济担任押运官，全程负责运输、装卸事宜。这时的李济已辞却中央博物院筹备处主任之职，以故宫博物院理事与史语所考古组主任的身份担负这份重任。在搬迁之前，中共方面已得到消息，急派中共地下党员、李济的一个学生出面劝阻，但李并未听从，并告诉对方：“保护这批古物是我的职责，自卢沟桥事变之后，我已护送这批珍宝跋涉了大半个中国，终得以保全。现在我同样不能眼看着祖宗留下的国宝毁于战火。国共之战我管不了，但如果我能保全这批文物而撒手不管，是为不忠不孝，同样对不起后世子孙。”[6]