面对国民党内部倾轧与大举溃败，在台湾的傅斯年将窝在肚子里发酵了几年的怒火，借给李宗仁写信之机，一股脑地发泄出来，既怪罪驻华大使司徒雷登的“糊涂”与其助手傅泾波“不可靠”，又迁怒于国民党军政大员的虚妄无能，认为国民党之所以“半壁万里，举棋中儿戏失之”，则是因为“不能言和而妄言和，不曾备战而云备战”，直至导致不可收拾的残局。他在为国民党败局表示“不堪回首”，或不愿回首之际，决定把全部精力投入台湾大学的建设上，以在精神上得到一点寄托和安慰。

1949年1月31日，解放军占领北平城，北平和平解放。

这年的4月21日，毛泽东主席、朱德总司令发布“向全国进军的命令”，号召人民解放军广大官兵“奋勇前进，坚决、彻底、干净地歼灭中国境内一切敢于抵抗的反动派，解放全国人民，保卫中国领土主权的独立与完整”。[69]当天，中共中央军委一声令下，百万大军在西起九江东北的湖口，东至江阴，总长达一千里的战线上，强渡长江，国民党苦心经营达三个半月，号称“固若金汤”的长江防线轰然崩溃。4月23日，国民党统治了22年的“首都”失守，崩溃中的国民政府南迁广州。24日，中国共产党宣布南京解放。

8月14日，毛泽东在为新华社所写《丢掉幻想，准备斗争》一文中，对胡适、傅斯年、钱穆等三人进行了点名抨击与唾骂：“为了侵略的必要，帝国主义给中国造成了数百万区别于旧式文人或士大夫的新式的大小知识分子。对于这些人，帝国主义及其走狗中国的反动政府只能控制其中的一部分人，到了后来，只能控制其中的极少数人，例如胡适、傅斯年、钱穆之类，其他都不能控制了，他们走到了它的反面。”[70]

10月1日，毛泽东在北京天安门城楼上宣告中华人民共和国中央人民政府成立，时正在广州与国民党军政大员策划阻止解放军前进的蒋介石闻之痛心疾首，在当天的日记中写道：“据报，共匪已于十月一日在北平成立伪人民政府，毛泽东为主席，副主席六人，宋庆龄为其中之一，总理在天之灵必为之不安。国贼家逆，其罪甚于共匪，痛心极矣。”[71]晚上，蒋氏以沉痛的心情独自步入黄埔公园的屋顶纳凉，心中“忧虑党国，不知何以为计”。[72]

10月8日，蒋介石接国民党“五虎上将”之一、陆军总司令顾祝同电称：“粤省西北与湘、黔军事，已趋劣势，请毅然复任总统，长驻西南。”[73]

10月10日，正是国民党的“双十节”，作为基督信徒的蒋介石于晨四时起床，早课完毕，仍感六神无主，不能自制，遂以《圣经》卜问国民党前途与自己的命运。一番凝神默祷之后，蒋氏闭着眼睛按住《圣经》随手翻开一页，而后用手指点在某处。查看内容，“得使徒行传第九章四十一节之启示，有彼得拯救多加起死回生之象”。[74]《圣经·新约·使徒行传》第九章四十一节原文为：“彼得伸手扶她起来，叫众圣徒和寡妇进去，把多加活活地交给他们。”

因了这条卜文，蒋介石神情为之一振，心中默诵：“感谢上帝，使我中华民国得由忠贞子民介石之手，能使之转危为安，重生复兴也。” [75]

10月14日，广州失守，“国民政府”再迁重庆，蒋介石随之出山，在台湾与四川之间布置、指挥战事，并在大陆度过了最后一个生日——63岁诞辰。

11月，桂系将领白崇禧指挥的子弟部队大部被歼，李宗仁在政治上赖以生存的条件与靠山被摧毁，遂于11月20日以就医为名，从南宁乘专机飞往香港，后流亡美国。

11月30日，重庆陷落，蒋介石偕蒋经国乘机逃往成都。12月7日，新任“行政院长”阎锡山（南按：3月孙科辞职，何应钦继任；5月何辞职，6月阎接任），率领包括“中央研究院”在内的“国民政府”各机构从成都逃往台湾，“政府”迁台声明当天对外发表。

12月10日下午2时，一代枭雄蒋介石带着儿子蒋经国，在瑟瑟寒风中，从成都凤凰山机场起飞逃往台湾。此时解放军攻城的炮声正紧，为了逃命，蒋氏父子都来不及详细看一眼大陆河山。此时的蒋公没有想到，此一去，再也不能回到故国家园了。正是，人生长恨水长东。无限江山，别时容易见时难。