12月22日，傅斯年遗体大殓，自早晨 7 时起，前来吊唁者越来越多，殡仪馆的屋子和院子几无立足之地。在上千吊唁者中，有台湾学者、名流、国民党军政大员、傅斯年的亲友、同事和台湾大学的学生。国民党元老于右任扶杖前来，陈诚哭得两眼红肿，王宠惠、蒋梦麟、罗家伦、王世杰、朱家骅、李济、董作宾、毛子水等人，另外加上一个刚从香港赴台，与傅斯年生前关系并不融洽的钱穆，都站立在人群中默然相送。10 时 30 分，傅斯年的遗体送往火葬场，上千人冒着大雨，踏着泥泞的道路，慢慢行走。热泪横流的学生们手执小旗，上面写着：“校长，回头来瞧瞧我们！”望之令人心碎。目睹此场面的台湾记者于衡在后来回忆自己采访生涯的长文中说：“傅斯年先生逝世，是我采访二十五年中，所见到的最真诚、最感人的一幕。”[21]

12月31日，亦即1950 年的最后一天，治丧委员会在台湾大学法学院礼堂（当时台湾大学本部尚无大礼堂）举行傅斯年追悼会。礼堂正中，悬挂着蒋介石亲笔书写的“国失师表”挽章，国民党高级官员、名人学者的挽章、挽联分挂两旁。蒋介石亲临致祭，各界要人亦皆前来，竟日致祭者达5000余人。据统计，当时各界致送挽联达 270 余副，挽诗 60 余首，挽词20余首，祭文6篇，唁电唁函90余封。各报章、杂志、专刊登载纪念文章110余篇。

“中央研究院”历史语言研究所同仁的挽联：

廿二载远瞩高瞻，深谋长虑，学术方基，忍看一瞑；五百年名世奇才，闳中肆外，江山如此，痛切招魂。

台湾大学全体师生的挽联：

早开风气，是一代宗师，吾道非欤？浮海说三千弟子；忍看铭旌，正满天云物，斯人去也，哀鸿况百万苍生。

国民党大佬于右任挽联：

是子路，是颜回，是天下强者；为自由，为正义，为时代青年。

蒋梦麟挽联：

学府痛师道，举国惜天才。

蒋介石于12月22日发唁函致俞大綵夫人。12月30日又频布褒奖令。傅氏身后可谓备极哀荣。

台湾大学为纪念傅校长开创台大一代风气的功绩，按照美国维吉尼亚大学为杰弗逊（Thomas Jefferson）专门在园内建造陵墓的成例，特在台大实验植物园内划出一块地建造罗马式纪念亭，亭中砌长方形墓一座，同时按中国传统，墓前立无字碑一座，设纪念亭，另有喷水池搭配，形成独特的景观。1951年12月20日，傅氏逝世一周年忌辰，举行安葬仪式。典礼由继任校长钱思亮主持，俞大綵亲手将傅斯年的骨灰安置在大理石墓椁中。现场有二千余人观礼，气氛庄严肃穆。自此，此处被称为“傅园”，墓亭定名“斯年堂”，与周围景致浑然一体，蔚为壮观。兵工署特别捐赠一座纪念钟，钟上铸有傅斯年提出的“敦品励学，爱国爱人”八字校训。后来，这座钟架设在行政大楼前的水池和椰林大道之间，名为“傅钟”，成为台大精神的象征。

傅斯年溘然长逝，远在美国的胡适闻迅，立即给俞大綵发来唁电：“孟真的去世使中国失去了一位最有天才的爱国者，我自己则失去了最好的朋友、诤友与保护人。……”[22]

随着媒体报道，在海峡另一边的学术界人士，也通过不同的渠道陆续得到消息并有不同的反应。已成为中国科学院副院长的竺可桢在日记中写道：“阅《参考消息》知，傅孟真于星期二下午列席台湾省参议会，报告台大状况，皆即患脑充血，于晚11点20余分去世，年55岁。孟真为人专断，才大而私心太重，解放前将史语所全移台湾，并影响数学所，实研究院之罪人也。”[23]

几乎与此同时，蛰住岭南的陈寅恪亦得知傅的死讯，想起与傅的交情，特别是抗战八年傅氏给予自己的帮助与关怀，悲从中来，赋诗一首为之追念。鉴于当时的天命、人事，以及严酷的政治气氛和压力，陈氏不能直白地剖露心迹，只能采取历来知识分子惯用的“曲笔”手法，以《霜红龛集望海诗云〈一灯续日月不寐照烦恼不生不死间如何为怀抱〉感题其后》为题而作，以此表达心中的哀悼之情。诗云：

不生不死最堪伤，犹说扶余海外王。

同入兴亡烦恼梦，霜红一枕已沧桑。[24]

此乃仿明末著名学者，明亡后毁家纾难，嫠不恤纬，反清复明失败而隐居山寺，并号朱衣道人的傅山（青主）之诗而作。傅青主原诗云：

关窗出海云，布被裹秋皓。

夜半潮声来，鳌抃郁州倒。

一灯续日月，不寐照烦恼。

佛事冯血性，望望田横岛。

不生不死间，如何为怀抱。[25]

陈诗通过仿傅青主之意，隐晦地悼念“归骨于田横之岛”的亡友。──这是当时整个中国大陆对傅斯年唯一的一份文字纪念。[26]