滥采滥挖，浪费资源。由于稀土资源特有的成矿条件，无证开采、越界开采、采富弃贫、采易弃难、丢矿压矿等现象甚为严重。北方的白云鄂博稀土与铁矿共生，就一直作为铁矿开采，稀土回收利用仅为10%左右，约90%的稀土资源作为二次资源进入尾矿坝堆存。南方的离子型稀土属国家保护性开采矿种，但回收率仅为40%～60％。稀土企业规模普遍偏小，采选技术落后。如江西省年产稀土不足1万吨，经核准的矿山企业就有88个。一些采用池浸法开采的稀土矿，有的回收率甚至只有20％。杀鸡取卵式的掠夺开采，一直禁而不止。

生产粗放，污染环境。南方离子型稀土矿使用的池浸法工艺，对环境生态破坏十分严重。“池浸工艺每开采1吨稀土，要破坏200平方米的地表植被，剥离300平方米表土，造成2 000立方米尾砂，每年造成1 200万立方米的水土流失。”开采稀土造成的“瘌痢头”在南方秀丽的青山绿水中十分刺眼。即使改进后的原地浸矿法依然会破坏地表和山体结构。大量使用的草酸和硫铵浸出液污染地表和地下水，进而形成大范围的水域污染。稀土选矿、分离、提炼和加工的全过程都会产生废渣、废水。北方大量的稀土作为尾矿堆存起来，本身就造成固体污染源和放射性污染，直接威胁黄河水源。考虑环境生态和资源破坏等外部成本，可以说，稀土产业的进步是以巨大的社会成本为代价的。

开发滞后，缺乏创新。据资料了解，稀土产品价值从低端向高端呈裂变式增长，其增长幅度比其他产业更为显著。稀土精矿、新材料和元器件价值之比达到1∶50∶500，终端产品增值更高。而我国稀土产业主要是低端产品，包括永磁材料、发光材料、储氢材料和抛光粉等。我国从20世纪50年代就开始进行稀土提取和应用研究工作，目前已拥有6 000多名科研人员。但面临两大难题，一是力量分散，散布在数百家科研院所、企业和高等院校中；二是科研条件不佳，受到资金短缺、设备落后等不利因素的制约。我国最大的包头稀土研究院人数最多时曾达2 000多人，目前已萎缩到200多人。稀土基础理论和应用研究双薄弱，多数科研机构只能跟踪国外动态，仿制多而独创少，新材料领域基本没有自主知识产权。而稀土是典型的科技依赖型产业，失去了强大的科技支撑，稀土产业只能沦为廉价资源供给者。

产能过剩，低价竞销。据统计，2006年，“全世界稀土市场每年需求折合成纯稀土氧化物约8万吨，而目前我国稀土的生产能力已经达到18万吨”，超过全球需求一倍以上。“但各地扩大生产能力的欲望仍很强烈，新的加工生产能力不断增加。”产能过剩而又缺乏有效的协调机制，占领市场的手段就只剩下低价竞销，其结果必然是产量越来越高，价格却越来越低。“1990—2005年，中国稀土的出口量增长了近十倍，可是平均价格却被压低到当初价格的54%。在世界高科技电子、激光、通信、超导等材料需求呈几何级数增长的情况下，中国的稀土价格并没有水涨船高。”2005年5月国家取消了稀土出口退税，大量压缩出口配额企业名额，稀土市场经历六年低迷期后，2006年上半年价格开始大幅回升，但距历史最高价格仍有相当距离。“目前，稀土生产企业的利润一般只能维持在1%~5%之间。即使达到5%的利润率，稀土卖的也是土价钱。”可以说，稀土是典型的优势资源，弱势产业，微利行业。