《海上晨钟》的故事由两条线索展开: 一条是新谊的成长发展。一批民族资本家怀着实业报国的梦想,收购新谊制药全部股份,新谊成为中国民族全资企业,并迅速发展壮大。期间,在中共地下党组织的领导下,新谊多次向苏北新四军输送抗菌素等急需要药品;太平洋战争爆发后,新谊为索回被日军扣押物资,与其斗智斗勇;抗战胜利后,围绕争夺德邻公寓物权,暴露出国民党官员的极度贪腐;上海解放前夕,对提蓝桥监狱关押的共产党人开展生死营救;并发动工人开展护厂、迎接解放进行殊死搏斗,最终新谊在战斗中发展壮大,王铭珊等也在复杂的斗争中成长为红色资本家,为新中国制药工业的发展作出了杰出贡献。 另一条线索是,“我”在追寻新谊历史过程中,正值国企处于改革转型时期,围绕谁是企业的主人、企业改革中工人的利益置于何种地位等核心问题进行了思考和求索。一系列历史与现实的碰撞,让“我”对工作、生活、信仰,以及自己工作单位和工作性质有了新的认识。