在经典遗传学史上，《基因论》是最重要的理论著作。摩尔根在书中建立的基因遗传的理论体系将孟德尔的性状遗传学说推进到细胞遗传学的新阶段。《基因论》全书共19章，从遗传学的基本原理开始讲起，解析遗传的机制，寻找突变的起源，列举多倍体，性染色体、性转化等案例研究，最终得到结论：染色体数目的改变和基因内部的改变产生了不同的性状。《基因论》用了156幅插图，表格数十个，循序渐进，条分缕析，论证详细，是严谨且明了的学术普及读物。数百条参考文献则以二维码形式呈现。本次改版增加了遗传学奠基人孟德尔（J.G.Mendel，1822—1884）的划时代论文《植物杂交的试验》，正是这篇论文总结了著名的遗传规律，推翻了所有旧的遗传学理论。此后，摩尔根带领的研究团队用果蝇作试验材料，不但证明了孟德尔两大遗传定律的正确性，而且揭示了第三个基本定律。
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