幕府的治罚是一回事，弥三郎的实力是另一回事，何况他还有细川家以及大和国的僧侣集团筒井氏的支持。不过这一次，畠山义就学聪明了，他知道斩草除根的重要性，于是他在享德四年（1455）继承家督后，就立刻正式讨伐弥三郎，畠山义就没想到一拳打出，却打在了棉花上，筒井氏就像麦芽糖一样死缠烂打，畠山义就打了四年没搞定，而且打得郁闷不已。弥三郎的幕后支持者细川胜元本来对畠山义就抢位的事情感觉无奈，这时就乘机跳出来做和事佬，长禄三年（1459）再次取消幕府对弥三郎的治罚令。但是就在这个时候，弥三郎死了。

义就的对手不失时机地推出了又一个继承人--弥三郎的弟弟畠山政长，这一推举得到了细川胜元的默许，也得到了细川家的实力支持。而正在中国地区和四国与细川明争暗斗的山名家，则暗中扶植畠山义就，所以，两个畠山的背后都站着一大群粉丝助威团，他们摩拳擦掌，随时准备亲自上阵。

细川家首先动手了。宽正元年（1460），细川胜元利用将军足利义政对畠山义就的不满，通过幕府宣布畠山政长为畠山家家督。畠山义就当然不干，到手的东西哪有交出来的道理。幕府将畠山义就的行为定性为抗命，由细川胜元主持讨伐义就。

畠山义就是一员猛将，面对幕府、大和国的僧侣以及畠山政长的联合军，他能在兵力劣势的情况下展开对抗，虽然野战不足，但守城有余。幕府军和畠山政长合流，进攻畠山义就驻扎的岳山城。

这一打就打了三年，幕府军内部尔虞我诈，互相扯皮，尤其是细川家和名义上遵守幕府命令的山名家。而岳山城的地形很好，在金刚山麓，畠山义就依靠地形和源源不断的粮草救济，竟然一守就守了三年，这让细川家感觉很没面子。一直到宽正四年（1463），幕府军攻克了岳山城，畠山义就弃城而去，潇洒地走出了重重包围。

宽正五年（1464），畠山政长正式接替畠山家督，同年接替细川胜元出任幕府管领。这一段两畠山内乱告一段落。在这次争端中，作为幕府将军的足利义政却是任人摆布，毫无决断力。而在长禄三年（1459），由于年初的大旱，加上关东的连绵战乱以及畿内地区发生的台风，导致了日本当年收成不足。特别是那场台风，引发了京都附近的贺茂川泛滥，近畿地区灾民遍野，饥荒一直延续到宽正二年（1461）。这场长禄·宽正大饥馑更进一步激化了社会矛盾。身为将军的义政却在此时沉迷艺术，修建花之御所，无视局势的恶劣。畠山义就和支持他的山名家也在暗中蓄力，准备反噬，这个机会很快来了。