在这次长享之乱中，山内上杉和扇谷上杉在关东地区爆发了三场大规模合战。上杉定正联合了古河公方与北条早云对抗山内上杉，并于明应三年（1494）将所属的相模地区分为东西两部分，分别由驻守小田原的大森氏赖和驻守三崎城的三浦时高把守。然而，令上杉定正始料不及的是：东西相模的大森氏和三浦氏根本不能精诚团结共抗外敌，相反，他们竟然起了内讧。而上杉定正本人也在同年十月二日的高见原合战中，因为过河时不慎落马而死，这个命运和一位西方伟大的君主、神圣罗马帝国皇帝巴巴罗萨异曲同工。上杉定正之死也导致战局的平衡被打破，是战，扇谷上杉大败。古河公方也因为山内上杉的拉拢而不再支持扇谷家。而另一方面，相模也发生了变化，原本作为三崎城主的三浦时高无后，就引入主家扇谷上杉的支庶上杉义同为养子，是为三浦义同。然而，三浦时高却在此后又得一子，于是，养子与亲子之间就起了冲突，进而养父子反目。更为复杂的是：义同的舅舅是小田原的大森氏赖，在大森氏的支持下，相模发生一起政变，被三浦氏追放的三浦义同反戈一击，杀死了养父，成为三浦家的主人。扇谷上杉在这样频繁的内乱中，不断削弱，家臣离心。值得一提，三浦义同的女婿是太田氏的太田资康，这也使三浦氏和大森氏成为内通山内上杉的嫌疑人。在这种情况下，身为扇谷上杉同盟者的北条早云完全可以名正言顺地将下一步掠取的目标转向相模国。

从伊豆转向相模的第一障碍明显就是西相模的小田原城，而小田原城的城主大森氏赖则是一个惹不起的人物，北条早云也对他忌惮三分。他以扇谷上杉同盟的身份，对大森氏赖采取笼络的态度。但是，北条早云的野心绝对不止伊豆那点弹丸之地。他的目标是夺取关东，根据《北条五代记》等野史的说法：北条早云自称做了一个梦，梦见一只大老鼠在啃两棵杉木，然后变成了一只老虎。这个梦的含义不言而喻，两棵杉木自然是扇谷上杉和山内上杉，至于那只老鼠，则代表着子年出生属鼠的北条早云。不论这个记载是否真实，北条早云吞并关东的野心是可以肯定的。幸运的是，大森氏赖在明应三年（1494）八月，于三浦内乱和上杉定正落马事件的前夕就去世了。北条早云去除了心腹之患，就把手伸进了相模。

大森氏赖的继承人据说是大森藤赖，但这个大森藤赖的经历有许多不明之处。北条早云夺取小田原城的过程也基本上记载于一些军记书，类似于中国的野史小说的性质。大致的情况如下：大森藤赖与其父氏赖不同，是一个昏庸无能的人物。北条早云通过馈赠礼物讨好他，麻痹他的意志。接着，北条早云提出了到西相模小田原城附近的箱根山狩猎的要求，得到了大森藤赖的准许。明应四年（1495）的九月，北条早云趁此机会，带领数百人，以狩猎为掩护进入了相模。在夜晚，就抄袭了中国战国时期齐国田单在即墨之战中用过的法子，在千余头牛的角上绑上松明等引火物，点燃后从箱根山冲向小田原城，夜色中，因为起火而受惊的牛冲进敌阵，犹如千军万马，小田原城内一片混乱。大森藤赖逃跑。小田原城就这样被北条早云偷袭得手。

小田原城被北条早云攻克，一般认为这也是明应政变的大背景中的一场军事行动。北条早云的行动是在配合京都的细川政元而对山内上杉采取的攻击，甚至可能是在细川政元的授意下进行的。而夺取此城的原因则很可能是作为扇谷上杉家重臣的大森氏此时已经内通山内上杉家，这也可以解释为什么北条早云向盟友的城伸手而扇谷上杉并无什么意见。值得一提的是，北条早云从来没有居住在这座给北条家后人带来荣耀的城中，他的居城一直是伊豆的韭山城，而小田原城则由他的弟弟弥次郎驻守。

侵攻小田原城也在此后引起了山内上杉的警惕。一年以后的明应五年（1496），上杉显定突然率军攻进了西相模。扇谷上杉实力不济，一败涂地，小田原城也再次易手，连弥次郎也不得不仓皇逃回伊豆。北条早云闻讯采取措施。至少到文龟元年（1501），北条早云通过笼络地方豪族等一系列手段夺回了小田原城并巩固了对该地的占领。