藏传佛教教派众多，其形成与发展史，就是一部各种教派和政治势力的斗争史。与汉地佛教一脉传承、融会贯通的发展历史不同，佛教进入西藏，首先是与本地原始宗教苯教长期斗争，取代其传统地位后，格鲁派（黄教）又先后经历了与宁玛派（红教）、噶当派（黑教）、噶举派（白教）、萨迦派（花教）等各个教派的反复斗争。

十七世纪初，在青海、蒙古一带，格鲁派的主导地位已经确立。但是西藏尚处于噶举派得势的时期，噶举派得到了管理地方政事的藏巴汗的支持，对正在蓬勃兴起的黄教采取压迫摧残的政策，格鲁教派与地方政治势力的斗争日趋激烈。

来自蒙古的四世达赖喇嘛云丹嘉措于二十八岁盛年猝死。他死后，按照藏传佛教传统，应当立即寻找他的转世灵童。奇怪的是，藏巴汗竟不允许寻找四世达赖的转世灵童。有人传说，那是因为四世达赖喇嘛云丹嘉措与藏巴汗不睦，暗中对藏巴汗下了诅咒，导致他常年缠绵病榻，时常头痛难耐，几乎一命呜呼。藏巴汗察觉后，勃然大怒，遂派出刺客，杀死了云丹嘉措，并且余怒未消，明令不允许寻找达赖的转世灵童。此时藏巴汗权倾前后藏，因此对于这样可笑的政治干预，拉萨上层的格鲁派僧人虽觉愤怒，却也无可奈何，一筹莫展。

好在天佑黄教。此时，四世班禅罗桑却吉却为达赖世系的传承立下了一桩大功。

在西藏，达赖系统与班禅系统是藏传佛教格鲁派的两大地位最高的体系，达赖系统以拉萨为中心统领前藏，班禅系统以日喀则为中心统领后藏。两个系统互相制约，也互相补位。历代班禅与达赖互为师徒，就是为了在转世灵童的十八年培养期间，遏制摄政王第巴权力过大的问题，同时也共同对付驻藏政治势力的干扰，维护格鲁教派统治地位的稳定。

四世班禅罗桑却吉是一位仁厚长者，在前后藏享有很高的威望。罗桑却吉精通医术，为藏巴汗治好了他的头痛痼疾。藏巴汗感激万分，提出要捐献一个庄园给扎什伦布寺作为酬谢，罗桑却吉坚辞不受，藏巴汗便让班禅自己提一个要求，他都予以应允。罗桑却吉趁机请求藏巴汗允许寻找四世达赖的转世灵童。藏巴汗无法自食其言，只好答应了。

在四世班禅罗桑却吉的主持下，寻找转世灵童的高僧在藏北的热振寺，文殊菩萨佛像前，以陈设糌粑丸抽签的方式，选中了山南琼结地方的世袭贵族家族幼子阿旺罗桑嘉措为四世达赖的转世灵童。

五世达赖喇嘛阿旺罗桑嘉措一六一七年出生于山南世家。他天资聪颖，又接受了很好的教育，自小便极富思想与个性，与众不同，有远远超出他年龄的智慧、才识和见地。成年后的他，更是有着强大的个人意志，和异常清醒的政治头脑。放在任何一段历史中，他都是一个能够建功立业的英雄。何况此时的西藏，正处于一段迷茫的乱世。

他是藏传佛教史上举足重轻的人物，对格鲁派确立在西藏统治地位的贡献无人可及。在他的老师四世班禅罗桑却吉的帮助下，他在拉萨一步一步推动和实现自己的政治理想。

罗桑嘉措作为转世灵童在哲蚌寺接受教育期间，也是藏巴汗政权加紧对黄教迫害的时期。一六三零年左右，藏巴汗政权利用地方势力内讧的机会，借机发动对黄教的洗劫性打击。不满十四岁的罗桑嘉措不得不避往山南，寻求家族势力的庇护。这更加坚定了他要为西藏宗教争取独立政治地位的决心。为了摆脱西藏宗教长年来对藏巴汗政权的从属地位，达赖与班禅谋划，利用藏巴汗政权与蒙古军队的矛盾，派人进入青海，与驻青海的蒙古军队统帅固始汗达成协议。蒙古军队遂进入西藏，推翻了统治西藏多年的噶玛地方政权，拥立五世达赖喇嘛建立了噶丹颇章政权。