除了摩尼亲自写的上述经典外，摩尼教还遗存了大量文献，大致可以分为五类。

第一类是宗教历史性文献，类似基督教的福音书、使徒行传、信徒书，杂有关于奇迹的记载，但是仍然有信史的成分。 袖珍型的《科隆摩尼古卷》已刊布192页，由摩尼弟子转述的摩尼自传资料汇编而成，基本上以第一人称回顾了摩尼早年在浸礼派中生活、受到神我启示、与他们决裂和开始传教的历程。科普特文的《布道书》（Homilies）已刊布96页，其中第42－85页是关于觉悟者（即摩尼）被钉上十字架的记载，第7－42页则是大战讲义，与今存《沙卜拉干》残片类似，讲述摩尼教关于世界末日发生大战的教义。由于这两份文书的幸存，我们对摩尼生平的早期和末期所知较多。三十年代在埃及麦地纳－马地（Medinet Madi）发现的大量摩尼教科普特文书中的一种是关于摩尼生平和摩 尼教会早期历史的著作，可惜在二战后的混乱中遗失了（仅存两页）。我们今天还可以通过一些吐鲁番出土的伊朗语和回鹘语残片，包括《牟羽可汗入教记》和书信，以及最近在埃及喀里斯 （Kellis）出土的科普特文书信、中国泉州摩尼教碑刻等资料增加一些对摩尼最后所受的迫害和摩尼教传播情况的了解。

第二类是教义阐释。 埃及麦地纳－马地出土的科普特文的《生之福音》评注（Synaxes (commentary ) on the Living Gospel）的一部分图版和《我主摩尼智慧的克弗来亚》（The Kephalaia of the Wisdom of my Lord Mani）的全部图版已经出版，有若干介绍，全部内容尚待科普特文专家释 读。《导师（即摩尼）的克弗来亚》（The Kephalaia of the Teacher ()）已经释读295页， 翻译成德文和英文。克弗来亚意为纲目、章节、要义。《仪略》中说，摩尼其余六十年间宣说正法，诸弟子等随事记录，克弗来亚显然是这种记录中最重要的一种，在西方史料中，它常被列为摩尼教经典。我们今天能看到的有122章，通常是对话体，即由摩尼的弟子问一个或一些问题，摩尼予以解答，内容涉及摩尼教几乎所有的方面。敦煌出土的汉文《摩尼教残经一》与此类似，也是阐释教义的对话体记录，今存345行。由摩尼弟子阿驮提出问题，摩尼予以解答，从诸神造成世界和贪魔造立人身讲起，叙述贪魔以五明性禁於肉身，而惠明使与之斗争，使五明性得以解脱，也即使故人转化为新人。这与《导师的克弗来亚》第38章相近。《摩尼教残经一》的另一个主要部分讲述惠明使通显三大光明日，降伏二种无明暗夜，与《导师的克弗来亚》第4章类似。汉文《摩尼教残经一》已经翻译成法文和德文。此经的一些帕提亚文、粟特文和回鹘文残片已经缀合刊布，翻译成德文（部分翻译成英文），可资比较研究。

第三类是诗篇。 埃及麦地纳－马地出土的科普特文诗篇图版已经刊布，其中保存较好的第二部分共234页已经释读并翻译成英文。敦煌出土的汉文《摩尼教下部赞》今存423行，已经翻译成英文和德文。吐鲁番出土很多伊朗语与回鹘语诗篇残片，其中比较长篇的，如帕提亚文《胡威达曼》（Huwidagman，第一章在唐代已经被翻译成古汉文，即《摩尼教下部赞》第262－338颂的叹明界文）和《安格罗斯南》（Angad Rosnan）、回鹘文《摩尼大颂》等已经释读并翻译成欧洲语文。 摩尼教诗篇内容大致可以分为：庇麻节（Bema）诗篇，赞颂各个神，特别是耶苏的，赞颂摩尼与其他宗教领袖的诗篇等等。通过比较研究这些诗篇，我们可以观察一些相同或类似的宗教象征符号怎样在不同文明之间传播、翻译、假借、融合。

第四类是关于教团组织和仪规的文献。 本世纪初在北非阿尔及利亚的特贝萨（Tebessa）发现一篇拉丁文书，讨论摩尼教选民（僧侣）和听者（一般信徒）的区别，已经翻译成英文。敦煌出土的回鹘文《摩尼教忏悔文》包括十五项忏悔的内容，已经被翻译成德文、俄文、英文和中文。吐鲁番交河城出土的《回鹘文摩尼寺院文书》的图版刊布于1954年，已经有中文、德文（部分）、英文和日文译本。敦煌出土的汉文《仪略》简明扼要地叙述了摩尼生平和创教、他的形象、主要典籍、教团组织结构、寺院制度、基本教义二宗三际论。已经有英文、法文和德文译本。《仪略》可能不是从中亚语言直接翻译过来的，而是精通中亚摩尼教文献的僧侣所著。