在１９９４年－１９９６年和１９９９年－２０００年的两次车臣战争中，“阿尔法”更是锋芒毕露。１９９５年６月１４日，车臣匪首巴萨耶夫率２００余名武装匪徒，乘车潜入俄南部城市布琼诺夫斯克，劫持了近千名政府工作人员和医务人员及病人为人质，要挟俄政府停止进攻格罗兹尼。“阿尔法”别动队奉命来到车臣战场，歼敌任务异常艰巨也非常危险，好在最后联邦政府采取了退让政策，才使几十名特种队员免于牺牲。１９９６年，车臣另一匪首拉杜耶夫率领６００余名匪徒冲入基兹利亚尔市，把３０００名医生、护士及市民绑为人质。“阿尔法”别动队担任强攻突击群的第二梯队，负责最后解救人质，经过殊死搏斗，人质终获自由。“阿尔法”功不可没。

近年来，俄罗斯连续发生爆炸事件。２０００年８月８日晚６时，莫斯科市中心普希金广场地铁站内，发生严重爆炸事件，造成无辜市民８死５３伤的惨烈景况。就在事发后的２０分钟内，一支反恐怖小分队迅速赶到出事现场。机警的队员在不到半小时内，即从爆炸现场附近搜寻并排除了另一枚爆炸装置，避免了另一场更大的伤亡。随后，小分队根据目击者的描述，制作了犯罪嫌疑人的电脑图像，迅速出击，于翌日凌晨将两名犯罪嫌疑人缉拿归案。这支小分队就是俄罗斯的“反恐怖利器”，闻名遐迩、战功显赫的特种反恐怖突击队――“阿尔法”别动队。

“阿尔法”别动队，是个令恐怖分子心惊的名字。