当前，“阿尔法”部队的主要任务是打击恐怖主义。叶利钦在担任俄罗斯总统期间已经发布命令，在俄联邦安全局内建立统一的反恐怖中心，负责协调各反恐怖特种部队和机构的工作，其主力便是“阿尔法”部队和另一支特种反恐怖部队“韦加”，后者主要负责打击核恐怖主义。在恐怖主义活动频发的俄罗斯，“阿尔法”部队可谓任重而道远。