这个结果完全是意想不到的，在此之前人们甚至不知道细菌也有DNA，而以为那是真核生物的特征。当时人们普遍相信只有结构非常复杂的蛋白质才可能是遗传物质。人们猜想，既然基因能够控制那么多、那么复杂的生物性状，那么构成基因的遗传物质也一定是一种非常复杂、非常多样的化学物质，才能承担做为基因的艰巨任务。蛋白质恰好是结构最复杂、最多样的分子，相比之下，DNA则太简单了。因此很多人都不愿承认艾弗里的实验结果。艾弗里又是个非常谦逊、低调、内向的人，不热衷于介绍自己的工作，即使受学术会议邀请去做演讲，也往往让年轻的同事代劳。1945年英国皇家学会授予他在科学界有着很高荣誉的科普利奖章（Copley Medal），他却懒得前往英国接受，而由学会会长把奖章送到他在纽约的实验室。难以想象这样的人会去斯德哥尔摩做演讲介绍自己的研究结果。

诺贝尔生理学或医学奖获奖者是由斯德哥尔摩的卡罗林斯卡医学院全体教授投票决定的。当时卡罗林斯卡医学院只有二十几位教授，由其中的三位组成诺贝尔奖委员会，由他们对被提名者进行讨论、确定最后候选人的名单提交表决。每年世界各地的科学家都会向诺贝尔奖委员会提名许多人竞争当年的诺贝尔奖，委员会从中挑出一部分被提名者，分别由一名委员或医学院的其他教授做出书面评价，据此委员会把被提名者分成三类：一、不值得获奖；二、目前不值得获奖；三、值得获奖。只有最后一类的人选（只剩几个）才提交给全体教授讨论、表决。当时卡罗林斯卡医学院的教授大部分都不做基础研究，对生物医学的进展实际上很不熟悉，少数从事基础研究的教授的意见就很受重视。

因此，要获得诺贝尔奖，首先必须有人提名。自20世纪30年代初期起，几乎每年都有人提名艾弗里，不过，在1946年以前，艾弗里是由于其他工作被提名的：他发现肺炎双球菌的抗原特性取决于其外膜多糖。但是和对遗传物质的看法相似的是，当时人们普遍认为抗原特性取决于细胞表面的蛋白质，不相信艾弗里的结果，怀疑其结果是因为多糖掺杂了蛋白质杂质导致的。在1946年以前，艾弗里有四次进入了第二轮名单，即诺贝尔奖委员会对其工作做了书面评价，但是评价的结果都认为他的发现不值得获奖。

1946年起，开始有人在提名艾弗里时提到他对遗传物质的研究。当时全世界研究核酸的生物化学家很少，其中的两个恰好都是卡罗林斯卡医学院的教授：化学教授艾纳·哈马斯登（Einar Hammarsten）和他的前学生、细胞研究与遗传学教授托布真·卡佩森（Torbjorn Caspersson）。这两个人对艾弗里成果的评价无疑会对医学院的其他教授有决定性的影响。不幸的是，这两个人都相信只有蛋白质才有可能是遗传物质，而且他们根据自己的研究经验，知道很难除去DNA中的蛋白质杂质，从而不相信艾弗里的实验结果。1946年，由哈马斯登对艾弗里的实验做了简短的书面评价，他对艾弗里的结果持批评态度，认为艾弗里的DNA被蛋白质杂质污染了，蛋白质才是转化因子。