随着更多的HIV病毒株的基因组序列被测定，人们发现HIV非常容易发生突变，从不同艾滋病人身上分离出的HIV序列存在较大的差异，而蒙塔尼和盖洛实验室分离的HIV病毒株的序列几乎一致是很不正常的，这就不能不让人怀疑盖洛实验室实际上是用了蒙塔尼实验室提供的病毒株。为此，1985年12月，巴斯德研究所向美国法庭起诉，控告盖洛实验室和美国国家癌症研究所违反合同，将他们提供的LAV株用于商业用途，要求把检测专利授予巴斯德研究所。这场官司持续了一年多，惊动了美国总统里根和法国总统密特朗，在他们的主持下，双方于1987年3月底达成协议，平分专利费。

艾滋病毒检测专利的问题虽然解决了，但是艾滋病毒发现权的问题并没有解决：盖洛实验室是否盗用了蒙塔尼实验室的病毒株？盖洛起初否认二者是同一个病毒株，后来不得不承认二者相同后，又反过来指控蒙塔尼实验室盗用了他的病毒株，他们不是曾经来向他要过HTLV病毒株吗？这个反指控非常可笑，蒙塔尼实验室在收到盖洛实验室提供的HTLV病毒株之前，已经发表了发现艾滋病毒的论文了。盖洛实验室的艾滋病毒株据称是米库拉斯·波波维克（Mikulas Popovic）分离出来的，对其来源波波维克一直含糊其词，后来干脆说是从许多患者的混合血液中分离的，这种分离方法是很不正常的。1986年5月，盖洛实验室在《科学》发了个更正，他们1984年5月4日登在《科学》上的论文中，误把法国人提供的LAV株的照片当成了HTLV-3株的照片。

这究竟是个无意的失误，还是有意的造假呢？随着双方庭外和解，似乎不值得再去追究了。但是，事态才平息了两年多，《芝加哥论坛报》的一篇文章又把盖子给掀开了。《芝加哥论坛报》记者、普利策奖获得者约翰·克鲁德森（John Crewdson）在1989年11月19日发表长篇报道，揭露盖洛剽窃巴斯德研究所的艾滋病毒研究成果。这篇报道迫使美国政府调查此事。1992年，美国卫生与人类服务部科研诚信办公室认定盖洛和波波维克有不端行为。但是到1993年11月，据称在美国政府高层的干预下，科研诚信办公室撤销了对盖洛和波波维克的指控，因为根据“新标准”，现有的证据不足以证明他们有不端行为。

1994年7月11日，美国卫生部终于承认“巴斯德研究所提供的病毒在1984年被美国国家卫生研究院的科学家用以发明美国HIV检测工具”，并同意让巴斯德研究所分享更多的专利费。这一年盖洛离开了国家癌症研究所，到马里兰大学任教，不过每年还能收取10万美元的专利费。

这个事件并不止是两个实验室在争夺学术荣誉，更是两个国家在争夺国家荣誉和市场，艾滋病毒检测方法很快被用以血液的筛查，当时每年能有几百万美元的专利收入。美国政府一开始就强挺盖洛，所以盖洛的专利申请比法国的晚了几个月却能获得专利，在事情败露之后又采取息事宁人的做法，拖了10年，由于媒体的介入，才有了官方调查和结论。盖洛实验室的利益变成了美国政府的利益，这造成了严重的后果。科研诚信办公室曾经严厉批评盖洛的所作所为“严重地阻碍了艾滋病研究的进展”，但盖洛的所作所为还不是因为有政府的撑腰？