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1989年秋，美国国家卫生院（NIH）新成立的“科学诚信办公室”（OSI）组成委员会，重新启动对伊马尼希－卡里案件的调查。新的委员会除了保留第一次调查委员会原有的三名委员，另外增加了两名委员，仍由戴维担任主席。该委员会在1991年3月14日完成了调查，写成调查报告草案。与第一次调查结果不同，这一次的调查主要根据特勤处对伊马尼希－卡里实验记录本进行刑侦鉴定的结果，认定伊马尼希－卡里“反复出具虚假和误导性的信息”，犯下了“严重的科学不端行为”，并表扬欧图尔追求真理的勇气，同时批评巴尔的摩没有认真对待造假的指控。

根据程序，调查报告草案送给一些人进行审阅，委员会再根据审阅意见写成报告定稿公布。审阅者按要求必须对报告草案保密，但是这完全取决于审阅者的自觉。事实上，报告草案一交到审阅者手里，马上就被人泄露给了媒体记者，迅速传开了。《纽约时报》在3月21日头版报道调查结果，并报道说巴尔的摩将会撤销《细胞》论文。美国司法部则宣布计划起诉伊马尼希－卡里骗用联邦资金（后来放弃）。

巴尔的摩与其律师、同事商量了一个月后，给NIH寄去一份声明。在声明中巴尔的摩做了自我批评，赞扬欧图尔，并对自己一开始没有重视欧图尔的举报而向她道歉。《自然》杂志在5月9日刊登了巴尔的摩的声明，一周后又刊登欧图尔的回应。欧图尔对巴尔的摩的声明并不满意，认为他还有些问题没有说清楚。第二天出版的《细胞》刊登了巴尔的摩等人的撤稿声明（伊马尼希－卡里和里斯布拒绝签署该声明）。

随后，以哈佛大学教授们为主的巴尔的摩的反对者和巴尔的摩、伊马尼希－卡里及其支持者在《自然》上进行了持续几个月的论战。伊马尼希－卡里宣称OSI委员会委员们没有看懂其血清学实验，尽管这些委员们都是资深的免疫学家。巴尔的摩的态度则再度变得强硬，对欧图尔的指责一一做了回应，并坚持其《细胞》论文基本上还是成立的，有后来发表的6篇文献为证。而其反对者则认为这6篇文献并不能用以证明《细胞》论文的结果，而且即便《细胞》论文的结果被别人证实，也不能说明就没有造假，科研人员应该自己确保实验数据的有效性，而不是让别人来为自己证明。10月10日，《自然》用一篇严厉批评巴尔的摩的社论终止了这场论战。

巴尔的摩的麻烦并没有结束。巴尔的摩已于前一年的7月离开麻省理工学院，到纽约的洛克菲勒大学当校长。他是在一片反对声中走马上任的。根据民意调查，该校有三分之二教授反对让巴尔的摩当校长，其中有半数签署了请愿书。他们不希望让一个由于涉及造假丑闻引起争议、名声不佳的人来当校长。但是董事会坚持聘用巴尔的摩。

巴尔的摩在《自然》的论战进一步激怒了他在洛克菲勒大学的反对者。该大学一些著名教授纷纷宣布不愿再受巴尔的摩领导，将另谋出路，其中包括诺贝尔奖获得者杰拉尔德·埃德尔曼（Gerald Edelman），他在1991年10月份宣布把实验室搬到加州的斯克里普斯研究所（Scripps Research Institute）。埃德尔曼激烈地批评巴尔的摩，认为其所作所为表明他不是一个科学家，因为一个科学家如果受到挑战，就会通过重复实验来证明自己，自己做不了实验就请别人来做，而不是靠争辩、雇律师、骂人和把证明的责任推给其他科学家。11月，巴尔的摩宣布他辞去洛克菲勒大学校长职务，并于1994年回到麻省理工学院。