面对刘的恩宠，云门大师不失“孤介”的禅僧本色，应对一如在山对众。刘对如敏禅师和云门大师原本倚若干城，此时则更加钦敬。虽不违云门大师之愿放之归山，却也以后“每年频降颁宣”。后晋天福七年（942），刘去世，其子刘玢袭其位，但次年即为其弟刘晟所弑，其间南汉一度陷于内乱。刘晟之才干远胜其兄，为稳定局势，即把云门大师迎入宫内，经月供养，赐六珠衣一袭及香药施利等，并御制塔额，赐“宝光之塔，瑞云之院”。此时云门大师已是八十岁的老人了。南汉王朝对云门大师是倚重的，待以国师之礼，祈能“冥垂慈贶（赐），密运神通，资圣寿于延长，保皇基于广大”。不仅如此，南汉王朝对云门大师的弟子亦“恩渥异常”，“其诸上足门人常厚等四十余人，各是章衣师号，散在诸方，或性达禅机，或名高长老。在京小师悟明大师都监内诸寺，赐紫常一等六十余人，或典谋法教，或领袖沙门”。（《南汉乙碑》）

云门道场之盛，在当时国内是罕见的，并超过了福建。福建当年因雪峰禅师倡道，曾兴盛三十余年，其后雪峰诸大弟子亦多在福建开法，但在后晋开运元年（944），福建内乱加剧，引起南唐和吴越的入侵，次年南唐和吴越联手灭闽，福建的佛教亦因之削弱。而云门大师在韶州两寺前后说法三十年，常年听法者不下千人，得法弟子受南汉封赐的就达百余人。据《禅灯世谱》统计，云门大师得法弟子共八十七人，《景德传灯录》所载为六十一人，有机缘语的五十余人。《五灯会元》所载为七十六人，并且全有机缘语录。虽不足南汉甲乙碑所载的百人之盛，已雄冠于当时了。可以说，自马祖以来，法门之盛，云门当为第一。其弟子分布亦广，主要分布于广东和湖南，再则为江西、江苏、湖北、四川，乃至安徽、陕西、山西亦有传人。云门大师唯独在福建没有传人，这一现象，值得禅史留意。

后汉隐帝乾祐二年（949），云门大师给刘晟留下了一篇遗表，给弟子们留下了一篇遗诫后，在云门方丈内坐化，享年八十六岁，僧腊六十有六。在遗诫中，嘱其弟子说：

……吾自居灵树，及徙当山，凡三十余载，每以祖道，寅夕激励汝等。或有言句，布在耳目，具眼者知，切须保任！吾今衰迈，大数将绝，刹那迁易，顷息待尽。然沦溺生死，几经如是，非独于今矣。吾自住持已来，甚烦汝等辅赞之劳，但自知愧耳。吾灭后，置吾于方丈中，上或赐塔额，只悬于方丈，勿别营作，不得哭泣孝服、广备祭祀等，是吾切意……大期将迫，临行略示遗诫，努力努力好住。还会么？若不会，佛有明教，依而行之。

云门大师圆寂后，“诸山尊宿具威仪，道俗千数，送师于浮图，灵容如昔。依师遗训，塔于方丈内”。云门大师是全身入塔的，当日“学徒感极，瞻雁塔以衔哀；门客恋深，拜禅龛而雪泣”。法事之隆重，为六祖大师后之仅有。十五年后，雄武节度推官阮绍庄，忽于梦中见云门大师在佛殿之上对他说：“吾在塔中多时，汝可言于李特进（秀华宫使特进李托），托他奏闻，为吾开塔。”这神异之事立即轰动南汉王朝，刘晟命韶州官员开塔，迎出云门大师真身，果然“法身如故，眼半合而珠光欲转，口微启而珂雪密排。髭发复生，手足犹软。放神光于方丈，晃耀移时；兴瑞雾于周回，氤氲永日”。当时僧俗朝拜者数千人。

刘晟在得知奏报后，立即命“署人船往云门，修斋迎请”。到了广州，又“迎灵龛于大内，螺钹铿锵于玉阙，繁花例于天衢，圣上别注诚敬”。这相当于唐代诸帝迎佛骨于长安的盛况了。刘晟并“亲临宝辇”，为肉身“重换法衣”，又特许“群僚庶众，四海蕃商，各得瞻礼”。在大内供养了一个多月后，方把云门肉身送归云门山。云门大师的真身在云门达千年之久，后于“文革”中被毁，真可叹息！