在隐匿五世达赖喇嘛圆寂的消息败露后，第巴桑结嘉措不仅侥幸过关，而且还顺利地把六世达赖仓央嘉措迎入布达拉宫坐床。在这一过程中，他不仅没有丧失以往的权力，而且得以继续控制年轻的新达赖喇嘛，似乎掌握了更大的权柄。西藏的蒙古和硕特汗廷的统治面临更加严重的威胁，蒙古汗与第巴的权力争斗日趋激烈。这一斗争在拉藏汗即位后到了白热化的程度。

同时，第巴桑结嘉措对前世达赖秘丧不报、长期独断专权，也激发了西藏内部一些僧俗权势人物的不满。新坐床根基未稳的仓央嘉措夹在中间，在这些错综复杂的矛盾和争斗中不免常常无端受到牵连。

仓央嘉措于1697 年被迎入布达拉宫成为达赖喇嘛（达赖即蒙古语“海洋”之意）后，对日益尖锐的政治斗争十分不屑，消极厌倦，“对内外各种行为，尊者（仓央嘉措）心如火燎，十分烦躁，并说‘现在似乎不必学经’， 精神涣散，无心学习。第司（第巴）和身边等人虽多次劝告，但无济于事”。

作为在宗教意义上至高无上的六世达赖喇嘛，仓央嘉措虽被第巴桑结嘉措扶上法王宝座，但实际权力仍由第巴桑结嘉措独揽。由于要随时充当政治斗争的工具，他无法潜心学经向佛，这也增加了他对现实的不满和厌烦。一度，他不但不听第巴和班禅的教诲，而且还拒绝接受进一步的受戒，甚至还声称要把原先所受沙弥戒还给他的剃度师父班禅，这就等于公开声称自己要还俗。面对这一始料不及的变故，足智多谋的第巴桑结嘉措也显得有些无可奈何。

那是1702 年，仓央嘉措好不容易听从了第巴的劝说，前往后藏扎什伦布寺朝拜四世班禅的灵塔。仓央嘉措的老师、五世班禅想借机为他授喇嘛序列中比较高级的比丘戒，被仓央嘉措坚决拒绝。这位年轻的法王当场表示，如果强逼他受戒，他宁愿选择死。

班禅大师在《五世班禅罗桑益西自传· 明晰品行月亮》中记载：仓央嘉措“皆不首肯，决然站起身来出去，从日光殿外向我三叩首，说‘违背上师之命，实在感愧’，把两句话交替说着而去。当时弄得我束手无策。以后（我）又多次呈书，恳切陈词，但仍无效验。反而说‘若是不能交回以前所授出家戒及沙弥戒，我将面向扎什伦布寺而自杀。二者当中，请择其一，清楚示知’。休说受比丘戒，就连原先授的出家戒也无法阻挡地抛弃了。最后，以我为首的众人皆请求其不要换穿俗人服装，以近事男戒而授比丘戒，再转法轮。但终无效应”。    关于仓央嘉措在20 岁左右时的种种离经叛道的言行，五世班禅在其自传中的记载非常详细。比如有一段写道：“第司仁波切（指第巴桑结嘉措）来函称，对圣尊（指仓央嘉措）之行为一再规劝，未蒙采纳，且言难从，知怀异众之志。蠢想您若当面相劝，可能会听。遂再三察告，仅答曰，当见上师。问其时间，却未明示，故延至今??在当月底，遍知一切（指仓央嘉措）也来信讲，‘正如给您历次来信的回复一样，我对继承达赖法位不感兴趣’。”

五世班禅写道：“??请他（仓央嘉措）尽可能多住些日子，为我们传经作法，但均不应允。圣尊在此仍旧我行我素，对此我不仅尽力规劝，以第司（即第巴）为首的达赖母亲、三大寺的代表也给以苦心劝说。这正如我先前祈求的那样——请像以往一切解脱之遍知大德一样，对所有能教化之众生，不要抛弃慈悲之心，请转动神圣法轮。虽如此三揖三拜祈求，但未听从。”

“甚至说以前授过的出家和沙弥戒如果不能收回，就面向扎寺自杀。这一切令我无所适从，难以作出选择。第司仁波切、三大寺的轨范师及总管等人来帮助规劝，然而无论他们是一起进谏，还是个别劝导，其结果愈来愈糟。遍知的种种言行，以及让人必须作出抉择的命令，这一切不要说回心转意，连曾接受的剃度出家也难以维持??我把一切情况向第司仁波切作了详细汇报，遍知在日喀则住了一十七天便回去了。”

当时去扎什伦布寺的哲蚌寺代表果芒札仓的堪布阿旺尊珠一世（喇嘛庙的各个部门叫“札仓”，各札仓的住持叫“堪布”），在自己的传记中也记载说，他曾对圣尊三拜，恳切地劝道：“您是雪域众生唯一的皈依处，不要这样下去了”，但是 “由于徒众无福分，（他）也未听劝告”。