第巴桑结嘉措利用五世达赖喇嘛的圆寂，秘而不宣，集西藏政教大权于一身，随后又通过扶立仓央嘉措和拉拢麻痹新即位的蒙古汗王，企图巩固既得权势。但是，一方面仓央嘉措拒不合作，另一方面拉藏汗又野心勃勃且技高一筹，最终谋败身亡。在这一过程中，在世俗争斗漩涡中一时因为厌倦而貌似沉迷酒色的仓央嘉措，似乎与老谋深算的拉藏汗走得更近一些。

对于他的放荡行为，第巴桑结嘉措自然是严加劝诫，而拉藏汗则一方面纵容姑息，陪他放枪射箭，骗取信任，另一方面又暗中告密，诋毁其六世达赖转世灵童的身份，指责其为“假达赖”并将矛头直指仓央嘉措背后的第巴。

杀死第巴以后，拉藏汗迫切需要得到清廷的认可和支持，所以他在第一时间即向清廷陈奏事变缘由，恳请在次年七月初一日拉萨蒙藏僧俗大会时，康熙皇帝能够颁下良旨，对他表示支持和保护。在综合考虑西藏局势后，清廷站在了拉藏汗一边。康熙四十五年十二月（1707年初），早就对第巴操纵西藏实权感到不满的清廷封其为“翊法恭顺汗”。

在取得权力斗争的胜利之后，拉藏汗所做的另外一件事情，就是立即抛弃了昔日密切相处的仓央嘉措。1706年，在清廷的默许下，拉藏汗宣布废黜仓央嘉措六世达赖喇嘛的身份，并于次年拉拢新任第巴隆索，新立他一手培养的阿旺益西嘉措为“六世达赖喇嘛”。这样，拉藏汗在已经控制了西藏地方政府政权的情况下，还试图通过自己控制的新达赖，达到其集政教大权于一身的目的。

然而，拉藏汗暂时的胜利并未给他带来绝对的权威，匆匆新立为“六世达赖喇嘛”的益西嘉措更是受到了西藏僧俗的抵制。益西嘉措虽住布达拉宫达11 年之久，但西藏人从未认可他是真达赖。蒙古汗王与西藏上层贵族的矛盾，也并未就此终结。拉藏汗面临的，实际上是一个更加复杂凶险的局面。

也正是因为对所面临的危险的察觉，拉藏汗在处理仓央嘉措善后问题上矛盾重重。一方面，他希望把仓央嘉措控制在自己手里，所以一开始拒绝了康熙皇帝要求将仓央嘉措押解到京的命令。可是后来，他又不得不主动把仓央嘉措送往北京，希望把这块烫手的山芋交到康熙皇帝手里。然而此时，康熙皇帝也改变了主意，不愿意沾惹这一棘手的难题。

在对退位后的仓央嘉措的处理上，虽然拉藏汗和康熙皇帝各怀心事，但由于仓央嘉措的六世达赖身份业已根深蒂固深入人心，谁也不敢轻易起杀害之心，以免激化矛盾招致灾难。而这一心态，也为后来仓央嘉措所谓“病死青海湖”的官方结论埋下了伏笔——因为这样一个结局，是官方最希望看到的。

由于拉藏汗自行所立的益西嘉措得不到格鲁派寺院集团上层当权者的认可，西藏的局势人心浮动，康熙皇帝认为这是削弱拉藏汗的地位、强化中央政府对西藏直接统治的一个机会。于是，在钦派侍郎赫寿进藏协同拉藏汗办理藏务后，他又在康熙五十二年（1713年），正式册封五世班禅罗桑益西为“班禅额尔德尼”（满语尊称，“珍宝”之意），同样颁赐了金册、金印和谕旨，以期在格鲁派与蒙古汗王之间取得新的政治平衡。此后，历世班禅额尔德尼的转世继位，都必须经过中央政府的册封和批准。而班禅也从此取得了和达赖几乎同等的宗教地位。

康熙四十九年（1710年），拉萨三大寺喇嘛和青海蒙古首领察罕丹津等人根据仓央嘉措在诗作中的暗示，从康区理塘寻访到仓央嘉措的转世灵童格桑嘉措。康熙五十五年（1716年），格桑嘉措被送往塔尔寺出家受戒。此时仓央嘉措已经退位，拉藏汗所立的益西嘉措得不到西藏僧俗的认可，所以清廷对仓央嘉措的转世灵童格桑嘉措采取了默认的策略。

康熙五十六年（1717年）秋天，在噶尔丹兵败自杀20 年后，其侄儿策妄阿喇布坦东山再起，打着“拯救黄教”和为桑结嘉措报仇的旗号，向西藏大举进犯，并于年底攻占拉萨，擒杀拉藏汗，囚禁并废黜了拉藏汗所立的从未获得广泛承认的六世达赖益西嘉措。至此，蒙古和硕特部从固始汗起在西藏近80 年的统治宣告结束。蒙古青海派势力联合西藏桑结嘉措集团的残余势力执杀拉藏汗后，清朝中央政府承认格桑嘉措为仓央嘉措转世化身。

康熙五十七年和五十九年，清廷两次出兵征讨准噶尔。期间，原属拉藏汗旧部的康济鼐、颇罗鼐等也组织后藏地区军民配合清军行动。在清军与西藏地方武装的夹攻下，康熙五十九年（1720年）八月，准噶尔军被驱除出藏。不过，为了稳定局面，平衡各方势力，青海派所立的仓央嘉措的转世灵童格桑嘉措继续获得承认，并被清廷派兵从青海护送返回西藏坐床。

虽然康熙皇帝曾正式下诏敕封格桑嘉措为“弘法觉众第六辈达赖喇嘛”，但因为仓央嘉措为六世达赖喇嘛的观念在西藏僧俗两界根深蒂固，到了乾隆四十八年（1783 年），乾隆皇帝敕封格桑嘉措的转世灵童强白嘉措时，就通过认定强白嘉措为“八世达赖”的方式，默认了格桑嘉措为七世达赖、仓央嘉措为六世达赖的事实。

在驱逐蒙古准噶尔军、结束“以蒙治藏”的历史之后，西藏地方政府中独揽大权的第巴一职亦遭废止，改由新设置的众噶伦共同处理西藏政务。18世纪中叶以后，西藏建立噶厦政权，逐步确立了延续到上个世纪中叶的政教合一的体制。