艾伦?波普只好跳伞，让守株待兔的印尼军人捉住了他，他身上的证件证明他是美国中情局人员。苏加诺强烈谴责美国，中情局局长杜勒斯向行动小组下命令：“我们必须尽快脱身。”5月19日，杜勒斯发出快电通知印尼、菲律宾、中国台湾和新加坡的中情局工作人员：解散，不要再烧一分钱，关闭军火供应线，销毁证据，撤退。

1958年6月底，由于没有了中情局的支持，叛军的军事政变被苏加诺彻底粉碎，中情局烧进了那么多钱，但最终都打了水漂。

同年12月16日，艾森豪威尔的情报顾问委员会向他提出了这样一个问题：应该改组中情局。因为从印尼问题上就可以看出，秘密行动根本就不是中情局擅长的。而且，他们认为中情局“没有能力就自身的情报信息与业务作客观的评估，”他们只知道用钱来打水漂。艾森豪威尔不是没有这个想法，事实上，在他连任后，他就一直想改变中情局的管理方式。但他自己说过，他知道自己没有办法改变艾伦?杜勒斯，也想不到还有谁可以接手中情局。近几年来，杜勒斯已经对秘密行动情有独钟，早已不把心思放在向总统提供情报这个核心任务上了。当艾森豪威尔把情报顾问委员会的想法说给杜勒斯听后，他极力阻止，他告诉艾森豪威尔，中情局没有什么不对，因为有成功案例。他没有说，这些成功的案例都是用钱堆出来的。他把印尼任务的失败归到一直负责秘密行动的威斯纳身上，最后，他让艾森豪威尔放心，因为秘密行动的负责人已经有新的人选了。