但事情没有那么简单，联邦调查局在肯尼迪总统被刺杀后，曾在其绝密文件中提到两个嫌疑犯，一个是奥斯瓦尔德，另一个是普里西拉·约翰逊。后者与前者曾在莫斯科“偶然”相遇，住在同一个旅馆。事实上，普里西拉·约翰逊是中情局的外围特工，她以记者身份奉命去莫斯科收集情报，使美国政府相信奥斯瓦尔德已经变节，这样，她就可以在奥斯瓦尔德死后把他的态度登出来，使人们相信是共产党国家制造了肯尼迪的死。在奥斯瓦尔德死后不久，她就发表文章说：“他（奥斯瓦尔德）痛恨美国的一切，迫不及待地想加入苏联国籍。”她的这话被中情局用来证明奥斯瓦尔德的非个人行为恰到好处。联邦调查局在把她列为嫌疑犯后正要准备进行调查时，突然发现这个女人与中情局、美国驻莫斯科大使馆以及国务院的关系非常密切，于是，联邦调查局局长胡佛立即取消了对她的调查。联邦调查局虽然不再继续对中情局特工的调查，可中情局似乎并不领情。中情局后来说，奥斯瓦尔德其实是联邦调查局的特工，联邦调查局局长胡佛信誓旦旦地说：“我可以十分明确地说，他（奥斯瓦尔德）从来不是本局的雇员，既不是特工人员，更不是特殊雇员和告密者。”此外，胡佛局长还了中情局一棒子：“我没有发现丝毫证据表明，任何国外的密谋导致肯尼迪总统被暗杀。”

中情局之所以要把奥斯瓦尔德与联邦调查局扯上关系，是想从中脱身，而胡佛显然发现了中情局的阴谋，立即还以颜色，认为中情局坚持的奥斯瓦尔德是受国外势力指使是欲盖弥彰。

事实上，中情局不知是刻意还是认定就是苏联或者古巴计划的这次刺杀行动，但他们的调查方向始终放在这条线上，几乎十几年没有动摇。

中情局在肯尼迪总统被杀后不久就希望在一个叫诺先科的人身上打开缺口。诺先科本是克格勃特工，1958年在克格勃内专门监视国内英美旅客的部门工作。后来转调美国科，1961至1962年间专责监视美国大使馆，之后升为观光科副科长。此人的最大嗜好就是喜欢喝酒，并且逢酒必醉。1962年6月，他以安全官身份随同苏联代表团前往日内瓦出席18国裁军会议。当天晚上，他喝得一塌糊涂，居然还找了个妓女玩乐，但第二天早上醒来，他就发现克格勃给他的900美元的经费被妓女偷走了。他吓得满头是汗，克格勃对特工丢失经费的惩罚很严厉，诺先科受不起这样的惩罚，于是，他找到了美国代表团一位叫马克的团员。诺先科通过情报得知，此人与中情局关系密切，是中情局的外围特工。会议结束的时候，他向马克走去，用俄语对他说：“我有话要和你谈··这儿不方便。我想和你吃个午餐。”大家都是道上混的，自然知道这话是什么意思。

于是，二人约定在郊外的一家餐厅见面。马克把这个消息告诉了中情局同行，当他们二人见面的时候，至少有6个中情局特工监视着诺先科的一切。