赫尔姆斯最终拒绝了白宫的要求，然后逃离华盛顿，名义是前往亚洲、澳洲和新西兰进行为期3周的情报考察，他把这个难踢的皮球踢给了副局长沃尔特斯。一星期后，在最高法院的强行命令下，联邦调查局开始展开进攻性的调查。沃尔特斯以国家安全的名义出面让葛雷取消调查。葛雷跟他要书面命令。沃尔特斯深知书面证据的危险，于是拒绝了。7月6日，葛雷打电话到圣克莱门别庄找尼克松总统：“你的幕僚人员（想操纵中情局）等于是在给你致命伤害。”一阵沉默之后，尼克松总统告诉葛雷，让他放手调查。

这个月的月底，赫尔姆斯归来。他以为事情结束了，可是，在监狱中的麦科德却通过律师传话给中情局说，总统的人要他在作证时说偷闯水门大厦是中情局的运作。白宫某助理告诉他，让中情局背黑锅，随后总统自会颁布特赦。麦科德在信中答说：“要是赫尔姆斯倒了，水门运作又推到中情局头上，林中每棵树都会倒下，今后将是一片赤地焦土。目前已是紧要关头。请传出讯息，他们若想砸掉中情局，这次算是走对路了。”

1972年11月7日，尼克松得了61％的选民票和520张选举人票，而他的对手麦戈文只获得34％的选民票和17张选举人票。尼克松最终获得了连任。两天后，尼克松同意了基辛格让原子能委员会主席詹姆士·施莱辛格取代赫尔姆斯的建议。11月20日，尼克松在简短、尴尬的戴维营会面中开除了赫尔姆斯。他提出以苏联大使的职务交换赫尔姆斯中情局局长的职务。赫尔姆斯最终同意以伊朗大使的职务来交换。

尼克松之所以要开除赫尔姆斯，是因为赫尔姆斯在水门事件的态度上有着很油滑的表现。另外，尼克松对赫尔姆斯主持下的中情局的效率非常看不过去。因为他自己就是秘密行动的高手，也是“混沌计划”的高手，而在这位高手看来，中情局多年以来始终都像是个外行。况且，尼克松始终感觉中情局在把他当成隐形的敌人。水门事件发生的10年后，尼克松被人问到“中情局是否有阴谋赶你下台”的问题时，这样回答说：“很多人都这么认为，中情局有此动机。我对中情局以及他们的报告十分不满，尤其不满他们对苏联军力，以及我们在全球各地面临的问题方面的评估，这已经不是什么秘密了。他们也知道我想砍掉一些朽木枯枝。所以，他们有动机。”