此后，“拉登处”再也没有找到好机会对拉登下手。几年后，一位退休的“拉登处”特工朔伊尔这样说道：“我们有很多机会可以干掉他（拉登），尤其是在1998年到1999年之间。这样的机会至少有8到10次。中情局向‘上面’报告了掌握的情况，并提出抓住他或从空中对他进行军事打击的可行性报告，但没有一次得到批准。决策者担心，美国一旦采取行动，将会被指控为搞暗杀。这样做一是代价太大；二是会得罪欧洲人；三是会引起穆斯林的愤怒。这些机会都出现在克林顿时代。”

正如朔伊尔所说，9·11之前，中情局有太多的机会使拉登无法活生生地看到9·11惨案。朔伊尔回忆说：“1998年12月，我们得到情报，拉登某晚在阿富汗坎大哈城的一所房子里过夜。我们非常准确地掌握了这个地点，并再次提出用导弹或飞机从空中干掉他。但这一方案又被否定了，原因是那座房子的隔壁是清真寺。决策者担心会炸毁那座清真寺，从而引起伊斯兰世界的愤怒。”朔伊尔说：“如果那时干掉了拉登，就不至于（在9·11事件中）丧失3000条美国人命。”

3个月后，1999年3月，又有一次机会摆到了中情局面前。“拉登处”得到情报，拉登正在阿富汗南部沙漠中的一个狩猎营里和某中东国家的几名王子一起享乐。“拉登处”提议用导弹把整个营地夷为平地，但是遭到了拒绝。白宫最担心的是，导弹会同时伤及那些王子，由此会带来很多负面的影响，会使美国在穆斯林国家陷入更大的危机中去。

到了小布什时代，中情局对拉登似乎已经没有了从前的敏锐感觉了。2000年10月12日，美国“科尔”号驱逐舰在也门的亚丁港遭到一艘满载炸药的小型橡皮艇的自杀式攻击。中情局黯然神伤。也就是从那以后，拉登变得似乎谨慎到出奇的地步，行动十分诡秘，有时候一天要换上三个地方，“拉登处”通过各种手段搜集情报，都无法得知拉登到底在哪里。

9·11之后，拉登更成了神奇的影子，他完全进入地下秘密活动状态，想发现他已非常困难了。另外，美国发动的对萨达姆的战争实际上帮了拉登“美国是伊斯兰的敌人”的宣传，“伊拉克战争，使一些穆斯林更相信拉登，认为美国确实是一个殖民主义大国。”。

这一切对美国都不利，而拉登在9·11后更是给中情局出了一个难题。