在首都体育馆举行的一次万人批判大会上，须发皆白、骨瘦如柴的周一良，作为陪斗，跟"梁效"负责人迟群、谢静宜站在一起。对"梁效"的批判和审查，直到1978年才结束。对全中国人民来说，"文革"是十年苦难，对周一良来说，前后整整十二年！

冯友兰、魏建功、林庚、周一良因参加"梁效"，被知识分子诟病。舒芜以《四皓新咏》为题，作诗讽刺他们四人。唐兰、王利器都有和《四皓新咏》之作。

周一良接受审查后不久，收到一封匿名信，上款称"周一良道兄"，信中毛笔繁体大字"无耻之尤"，落款为"一个老朋友"。无独有偶，魏建功也收到一封这样的信，上书"迷信武则天"。周一良对此淡然处之，付诸一笑。而魏建功对这封"老朋友"的信大动肝火。周一良则旷达地表示："我对此公之正义感以及勇于表达的激情，始终还是表示钦敬的。"

1980年，魏建功病逝。"文革"结束后，魏建功和周一良一样，接受了两年的政治审查。政治审查期间，魏建功承受了巨大的精神压力，心情抑郁，健康受到影响。在魏建功的追悼会上，一句"五十年风云变幻，老友毕竟是书生"的挽联深深触动周一良，使他重拾荒废多年的古代史研究。

重回魏晋南北朝史学领域的周一良，遗憾的是，再也无法向恩师陈寅恪汇报自己的研究成果了。1958年，周一良批判陈寅恪的发言稿虽然未公开发表，但感觉愧对陈寅恪。晚年周一良对陈寅恪有了更深刻的认识，1991年5月20日致函汪荣祖，信中写道："记得适之先生曾说，寅老有遗少味道，一良以为并非全无根据，如挽观堂诗中'回思寒夜话明昌，相对南冠泣数行'之类，非对清室有一定感情者，不可能对观堂有如许之同情。一良回忆儿时情况，家父虽早服膺西方学术，曾译康德著作，但有时亦流露出'遗少'味道。渠与寅老年龄相仿，又皆为清末督抚之孙，宜其思想心态有相通之处。估计北伐之后，遗少心态始渐消失，寅老在观堂挽词之后，似未再流露，而家父晚年竟成共产党之朋友矣。"

坐在轮椅上的周一良对陈寅恪，对50年风云变幻的所作所为，深刻反省，并在一次学术会议上，公开表示自己的忏悔。1999年11月27日，为纪念陈寅恪诞辰110周年而举办的"纪念陈寅恪教授国际学术研讨会"上，胡守为教授替周一良宣读了《向陈先生请罪》的发言："我相信我这个迷途知返的弟子，将来一旦见陈先生于地下，陈先生一定不会再以破门之罚来待我，而是像从前一样……就如同在清华新西院、纽约布鲁克林26号码头轮船上，岭南大学东南区1号楼上那样的和谐而温馨。"

周一良去世后，其子周启博在《噩梦醒来已暮年》文中说：

父亲是一个企业世家兼文化世家的长子，家教是忠恕之道和谨言慎行。少年青年时潜心文史，所在学科前辈和同人对他颇为看好。如果他能按自选方向走下去，学术上当有可观的成就。然而，中年之后，他被社会环境压制，奉领袖为神明，把改造思想以达到领袖要求当作高于家庭、学术的终极目标。每当他未泯的人性和常识与领袖的方针冲突，他都认为人性和常识是自己未改造好的表现，"改造思想"成为他永远追求也永远达不到的目标，而他从不怀疑领袖有什么不对……

一代知识分子的噩梦实在太长了，白发皓首的周一良幡然醒悟，晚年写回忆录，一声长叹，"毕竟是书生"（回忆录以此为名，周一良曾对人表示此书名引而不发的下半句是"书生上了当"），这几个字中，包含多少沧桑与苦难，沉痛与艰辛。一生多舛看风云，长使书生泪满襟……