20世纪初，蔡元培执教南洋公学，发起成立中国教育会，创办爱国学社和爱国女学。同时，还带领中国教育会和爱国学社社员假上海张园举行演说会，发起拒法、拒俄运动，并为《苏报》撰写文章，宣传爱国、民主思想。中国教育会与爱国学社在一起办公，这两者是传播新学、提倡民权的大本营，《苏报》则是宣传反清革命的舆论阵地。吴江柳亚子，嘉兴敖梦姜，广西马君武，四川邹容以及《苏报》陈梦坡等人，与蔡元培一起推动了反清排满、爱国革命的新潮。章太炎的《驳康有为论革命》《逐满歌》激荡人心，邹容《革命军》的出版，有摧枯拉朽的力量，清廷上下一片恐慌。1903年6月29日，苏报案爆发，蔡元培之前得到风声避走青岛，陈梦坡走日本，章太炎被捕，邹容自首，吴稚晖脱逃。

蔡元培为何选择来青岛躲避苏报案风潮？其一，青岛时为德国的租借地，比较安全。其二，蔡元培来青岛学习德语，为留学德国做准备。他在自写年谱中，将这次来青岛的情形详细记录如下：

及爱国学社与中国教育会冲突后，我离社，往德的计画将实现。徐君从陈敬如君处探听，据言红海太热，夏季通过不容易，不如先往青岛习德语，待秋间再赴德。于是决计赴青岛。陈君梦坡为我介绍于李幼阐君。李君广东人，能说普通话，谙德语，在青岛承办工程方面事业，设有《胶州报》，其主笔为广东易季圭君。李君初于馆中辟一室居我，我租得一楼面后，乃迁居，自理饮食。日到李君处习德语，后李君无暇，荐一德国传教士教我。

蔡元培在青岛学德语期间，还进行学术研究，用了不到三个月时间由日文译出德国哲学家科培尔的《哲学要领》一书，售于商务印书馆出版。这是蔡元培第一次到青岛，不到两个月就返回上海了。

苏报案的爆发使蔡元培又有了一次转变，从以教育、新闻开启民智的资产阶级新型知识分子，转型为主张暗杀的激进革命家。鉴于孙中山领导的起义一次又一次遭到失败，他决心改变反清的斗争手段。1904年春，由他发起在东京留日学生中成立了秘密暗杀团光复会，图谋从暗杀入手，推进反清革命。蔡元培承担了上海暗杀团的组织接待工作，其他成员从日本陆续来沪，均由他接待。蔡元培说："乃集同志六人，学制造炸药法于某日人，立互相监察之例，甚严。……同志数人至，投孑民。孑民为赁屋。"

光复会从事暗杀活动，组织严密。同盟会不仅给予人才和器械的支持，对光复会的暗杀活动也给予指导。据蔡元培自写年谱可知，新会员加盟，要写一纸"黄帝神位"的横幅，供在上方，杀鸡，取其血，滴于酒中，跪而宣誓，并饮鸡血酒。另据俞子夷《回忆蔡元培和草创的光复会》一文可知，起草的光复会章程类似间谍传递情报的方法："用氯化钴液誊在六行二十格的老式文格上。章程在行间，格内另有墨笔抄写一篇古文。氯化钴写时带红色，烘干即无色，喷水受潮，又现淡红色。"暗杀成员之间通讯多用暗语，成员各有代号。