与小说中的“弗兰肯斯坦的怪物”不同，美国参与创造的“基地”组织，是不可能自动消失在历史舞台上的。当然，美国也不是“弗兰肯斯坦博士”，是不可能被“基地”组织毁灭的。而且，它发动预防性攻击尚且不惧师出无名，更何况在遭遇沉重的袭击之后？于是，它们之间的仇恨注定会继续。

2001年“9?11事件”发生之后不久，布什总统就宣布要进行反恐战争。10月7日，美英军队向阿富汗首都喀布尔及其他几个地点发动攻势，用炸弹和巡航导弹打击塔利班军事和交通设施。不到两个月，阿富汗塔利班政府被推翻。但塔利班势力在不久后恢复，阿富汗战争非但没有结束，而且正在损耗北约盟国之间的团结。

2002年1月29日，布什在白宫发表《国情咨文》演讲时声称，萨达姆政权支持恐怖分子，并且拥有大规模杀伤性武器。同时，他还将伊拉克、伊朗和朝鲜定性为“邪恶轴心”(axisofevil)，并誓言美国将“不会允许世界上最危险的政权用世界上最具有破坏性的武器威胁我们”。

2002年6月2日，布什在西点军校发表演讲时，公布美国新的防卫主张，即有权对敌人先发制人：

“我们的安全将要求所有美国人有远见并有决心，准备好在有必要的时候采取先发制人的行动以捍卫我们的自由、保卫我们的生命……防御是不可能赢得反恐战争的，我们必须向敌人发动攻击，摧毁他们的计划，在严重的威胁出现之前打击它……我们将领导世界反对邪恶与不法的政权。”

3个月之后，布什在联合国演讲时表示，如果联合国不支持美国攻打伊拉克，除了自己动武，美国将别无选择。10月11日，美国国会批准白宫攻打伊拉克的计划。12月7日，伊拉克提交一份1 2万页的报告，说明它并不拥有大规模杀伤性武器。两周后，布什向海湾地区派兵20万。

2003年1月16日，联合国监察员在伊拉克发现11个未申报的化学武器弹头。1月27日，联合国发表正式报告严厉谴责伊拉克。联合国首席武器核查官布利克斯（HansBlix）说：“伊拉克似乎没有真正接受联合国裁减武器的要求。”1月28日，布什宣布，即便没有联合国批准，他也准备攻打伊拉克。

2月22日，布利克斯要求伊拉克在3月1日前摧毁其AlSamoud2导弹，因为这种导弹的射程不合法。两天后，美国、英国、西班牙向安理会提交报告，认为是时候授权向伊拉克动武了。同日，法国、德国和俄罗斯向安理会建议，“确保有真正的机会可以和平解决这个危机，动武应该是最后的手段。”

3月1日，伊拉克开始摧毁其AlSamoud2导弹。但为时已晚。3月17日，布什向萨达姆发出最后通牒，限其在48小时内离开伊拉克，否则美国将攻打伊拉克。48小时后，布什宣布攻打伊拉克。

2003年4月9日，美军控制伊拉克首都巴格达，但是零星战斗仍然在继续。5月1日，美国宣布主要战斗行动结束。5月22日，安理会批准解除对伊拉克经济制裁的决议。12月13日，萨达姆被美军俘获。但是，与在阿富汗面临的问题一样，美军随后陷入游击战的泥潭之中。