捷克民众立即积极响应，工业企业的生产效率大幅度降低。1941年6月到9月间，捷克军火企业产量平均降低18%，有些工厂下降了35%。抵抗组织的破坏活动也变得异常活跃，捷克政府通信线路被剪断， 铁轨被拆毁，8月间一个油库被破坏而发生爆炸，烧掉10万公升汽油。

捷克局势的恶化使希特勒非常担心，于是决定替换捷克总督。希特勒决定派一个铁腕人物到捷克恢复秩序，海德里希立刻请缨。

1941年9月27日，海德里希抵达布拉格。当天晚上，海德里希就宣布在捷克主要城市实行戒严，开始着手打击捷克地下抵抗运动。海德里希的铁腕治国一视同仁，打击对象并不限于抵抗组织，还包括民愤极大的不法奸商，而且并不因当事人的社会地位、财富或民族而区别对待，这种“铁面无私”颇得人心。1941年9月底，德裔化学家梅彻尔因向捷克流亡政府提供情报而被枪决。11月，德裔工厂主亚当兄弟以“破坏经济秩序”的罪名被处以绞刑。

戒严持续了三个月，其间一共有404人被判处死刑，其中包括前捷克军队的6名将军和10名上校，另外有5000多人被送进集中营。被枪决的404人里面，169人属于经济罪犯，主要是那些投机倒把分子。海德里希的秘密警察效率极高，几个星期内捷克地下抵抗运动几乎被破坏殆尽，仅捷共还有零星活动。这种被后来史学家称为“恐怖统治”的统治方式，其实具有极强的隐蔽性。因为抓捕行动基本上都在夜间悄无声息地进行，白天各大城市依然歌舞升平，并不是战后捷克官方历史描述的那种警笛长鸣，盖世太保横冲直撞的景象。

所以，不得不佩服这个杀人如麻的魔头翻云覆雨的手腕。他将软硬兼施耍得出神入化，恐怖统治的另一面则是怀柔政策。

10月初，海德里希命令重新统计全国的谷物和牲畜数量，结果查出大批非法囤积的食品和肉类，而没收的食品直接送到各个工厂的食堂去。海德里希在捷克工厂企业推行食堂制度，政府保证食堂的食品供应，以改善工人的营养水平，工人在这里就餐不用花费食物票证。

海德里希还努力将捷克的食品配给标准提高到德国本土的水平，捷克两百万工人的油脂定量提高到每月420克，核心军工厂的工人则达到每月 1040克。在社会福利方面，海德里希在捷克施行德国本土的福利标准，大幅度提高捷克人的养老金和医疗保险。1942年4月1日起实行的新福利制度，老年病残养老金增加20%，遗孀福利增加三分之一，孤儿福利增加75%。全民失业保险制度的实施则是捷克史无前例的。