胚胎形成制造的一个进化工程解决方法可能是这样工作的：一开始产生亿万个随机的分子级“人工DNA”串，每一个都可以被转译为块状的三维分子结构。然后预先设计好的分子级纳米机器人进入块状物内，测量其想得到的微产品的形状和功能的相似程度。那些得到更高分值的块状物将会使其相应的人工DNA生存下来并且在下一代有更多的复制品(孩子)。

根据达尔文理论，那些功能上差些的块状物会死亡，因此产生了一种“适者生存”的策略。子DNA然后会微小“变异”(也就是在某方面改变人工DNA中的化学指令)。偶尔地，一个变异的子DNA会产生比其父辈“更适应”(表现上更好)的块状物。通过很多次循环后，一个能够生长出合适形状和功能的块状物所相应的合适的人工DNA就产生了，结果是一个能够表现出某种有用功能的分子产品。