1791年夏天，杰斐逊和麦迪逊做了一次“植物考察旅行”，在采集标本和观赏自然景观的同时，他们与纽约的共和主义者建立起了政治上的联盟，这是共和党形成过程中的关键一步。

虽然杰斐逊同情法国大革命，厌恶君主制，但在处理国际事务时还是相当务实理智的，总是设法使美国避免卷入欧洲的政治和战争，因此原则上支持1793年的《中立宣言》。他在这一问题上与汉密尔顿的区别在于：汉密尔顿要求废除美法同盟条约，而杰斐逊则主张回避这一问题。

1793年春，法国新公使埃德蒙·热内来美。杰斐逊热情地会见了这位来自革命法国的使者，同时告诫他应谨慎行事。但此人头脑狂热，企图利用人们对法国革命的热爱在美国掀起仇英情绪，使一贯同情法国的杰斐逊认识到“此人将会断送掉共和党”。于是他巧妙地使法国政府召回热内，从而化解了一场危机。

1792～1793年，汉密尔顿的反对者在麦迪逊的领导下组成了一个全国性的政党——共和党，由于杰斐逊的社会地位和政治影响，被公认为是该党派的精神领袖。1792年夏秋之交，汉密尔顿利用弗雷诺在《国民公报》上发表抨击他的文章的事件，对杰斐逊进行猛烈的人身攻击。杰斐逊曾举荐弗雷诺在国务院任译员，但他表示从未指使弗雷诺从事党派活动，而且拒绝压制弗雷诺。此时，杰斐逊对政治生活已感到厌倦，请求辞职，但被总统拒绝了。

1793年的最后一天，他的辞呈最终获批准，遂起程返乡。

副总统 在蒙蒂赛洛，杰斐逊避开一切公务，全身心地经营他的农场，进行科学研究，并从书本和家庭生活中寻找乐趣。在退休后的两年中，他的农场生产已经达到了州内一流水平。但国内政治形势的发展仍不时牵动他的心。他对华盛顿政府日趋保守的倾向深感不满，认为《杰伊条约》是美国外交的“耻辱”，指责汉密尔顿偏袒大资产阶级的利益，是一个贵族政治论者，反对政府的亲英外交政策。然而他一再发誓：永不踏入政坛。但由于他在民众和政坛中均拥有巨大的威望，1796年共和党仍推举他为总统候选人。虽然杰斐逊本人在选举中一直作壁上观，但结果仅以三票之差败给了约翰·亚当斯，成为亚当斯政府的副总统。据分析，只要杰斐逊稍做努力，选举就会是另一种结局。亚当斯的当选还得益于当时人们的一种模糊看法，即认为副总统理应继任总统之职。但杰斐逊却表现出一种开明和大度，他甚至表示：论资历，亚当斯当总统是应该的。

亚当斯政府是第一个具有明显党派性的全国政府，联邦党人控制了各个权力部门，党同伐异，迫害异己，政治专横。对内颁布了不得民心的高压法令，严重侵犯了人民的权利。对外实行亲英政策，使美法关系走到了战争的边缘。所有这些都激起杰斐逊的强烈不满。为此他起草了《肯塔基决议案》，伸张“1776精神”和民主共和原则，团结一切进步人士，反对联邦党人的倒行逆施。此后，大部分国民对亚当斯政府失去了好感。