小亚当斯还不顾众议院的巨大压力，说服门罗总统暂不承认西属美洲新独立的国家，直到《亚当斯-奥尼斯条约》换文生效后，才正式承认这些国家。此举避免了与西班牙的矛盾激化，对于促使西班牙在《亚当斯-奥尼斯条约》上签字起了微妙而关键的作用，成为小亚当斯外交事业中的得意杰作。当然，小亚当斯推迟承认这些拉美国家，也由于对它们能否建立开明的政治制度持怀疑态度。

另外在美国东北边界的问题上，小亚当斯顶住了英国的压力，维护了美国国家利益和安全。

在欧洲君主国企图镇压拉丁美洲革命的形势下，美国的许多政治家主张联合英国，反对欧洲列强的干涉。小亚当斯清醒地看到，英国的目的是继续控制美洲，与英国合作会束缚住自己的手脚，妨碍将来谋取更大的利益。他主张美国必须采取单方面行动，他认为：“把我的原则向俄国和法国公开提出，这要比作为尾随在英国军舰后面的小艇更率直，也更有尊严。”这一建议为门罗总统所采纳。1823年12月发表了“门罗宣言”。因此，在门罗主义产生的过程中，小亚当斯起的作用实际上超过了门罗本人。

总之，小亚当斯的国务卿任期是成果丰富的，他所签订的一些条约、协议以及他所遵循的外交原则，对美国后来的历史发生了深刻的影响。

“少数总统” 小亚当斯任国务卿时，美国历史正处于所谓“和睦时代”，但他仍看到了分裂的不祥阴影，他在日记中写道：“党派的、个人的和竞选中的钩心斗角愈演愈烈，有增无减。政府越来越像一个结党营私的阴谋集团，他们正在策划的不是下一届而是再下一届总统选举——准备进攻和反进攻。”但即使小亚当斯本人也未能逃脱这个怪圈，在1824年的美国总统竞选中，他也作了充分的准备和表演。他的三个竞选对手都是大名鼎鼎的南方人：安德鲁·杰克逊、威廉·H.克劳福德和亨利·克莱。在这次竞选中，由于几位候选人的政治主张相似，党派界线模糊，所以选票的分布很不集中，亚当斯仅居第二位。由于无人获得过半数票，按规定，应由众议院从前三名候选人中选出总统，因此居第四位的亨利·克莱失去了竞选资格，但他的选票的去向则微妙而关键。

1825年2月的一个夜晚，克莱与小亚当斯进行了一次密商，其内容无人知晓。此后风向便发生了剧变，克莱的选票转投给了小亚当斯，使他成为第一位在选民票数和选举团票数都少于对手的情况下当选的美国总统——“少数总统”。而竞选失败者们则认为这是“肮脏的交易”。一些史学家认为，一心要竞选下届总统的克莱希望出任国务卿（在早期，国务卿一职被认为是通向总统宝座的“快车票”，有好几位总统曾当过国务卿），再加上他非常讨厌杰克逊的强硬而鲁莽的行事风格，所以他转而支持亚当斯是完全可以理解的，故二人之间充其量是达成了某种默契。果然，小亚当斯出任总统后，即任命克莱出任国务卿，但这位杰出的政治家却始终未能实现当总统的宏愿。