其他真实的或潜在的挑战也需要去面对。控制棉铃虫意味着以前被棉铃虫吃掉的危害较小的害虫可能会成为主要害虫，因此我们需要采用新的手段控制这些“次要害虫”。次要的害虫也可能变成主要害虫，它们此前被针对棉铃虫的杀虫剂杀死。此外，有人担忧一些益虫（这样称它们，是因为它们以棉花的敌人为食却不会破坏棉花本身）可能因其食物链的中断受到影响。换句话说，针对棉花害虫的有毒物质也可能间接伤害棉花的朋友。

然而，孟山都公司和得克萨斯州科技大学的科学家还是领先了几步，他们每次都只对付一种害虫或杂草。对得克萨斯州的棉花种植者来说，为了在与杂草和害虫的斗争中实现跨越，孟山都公司的加价和限制只是很小的代价。2007年，90%的美国棉田使用的都是转基因种子。转基因技术使美国棉农的收入增加了10亿美元，这主要是通过低廉的成本和较高的产量实现的。

回归自然还是迈向未来？

在传统的“高投入”和产业化的农业中，持续增加使用杀虫剂、化肥、水、燃料和除草剂对环境产生的威胁也在不断加大。尽管高投入的农业是科技不断飞跃的结果，但科学的进步使环境付出了高昂的代价。化学药品在农业中的大量使用造成的环境恶果是众所周知的，但哲学领域里出现了两种互相对立的选择：一种选择是有机农场主的回答，回归自然；另一种选择是利用能够解决环境问题的科技进步继续推进农业发展。这种观点认为，科技进步产生的环境问题可以通过更多的科技进步来解决。应对环境挑战的“回归自然”和“科技进步”两个方案是哲学分歧的两个对立面。

当今，转基因技术的快速发展降低了农业对化学品投入的要求。支持者认为，转基因技术能够解决像降低杂草和害虫的危害这样的传统问题，同时也能够解决环境问题。在美国，苏云金芽孢杆菌种子早已急剧减少了棉花的农药使用量（我和几位棉农谈过，他们认为农药使用量最多减少了90%）。 农药使用量的减少带来的燃料使用量的减少对环境有着积极的影响。